这个序列就可以用于后续的进化树,保守结构域,motif等分析。 二:通过blast鉴定基因家族成员(适用于没有该基因家族HMM模型) 利用CDD,Pfam,interProscan确定基因家族成员保守结构域。 利用Plant CARE和PLACE预测成员顺式作用原件。 利用别的物种的基因家族的蛋白序列,实例用玉米和水稻的NBS序列寻找拟南芥的NBS序列。
1. NBS-LRR是最大的抗性基因家族之一 ; 2. 根据N端的Domains不同NBS-LRR分为两个亚族,含TIR的TIR-NBS-LRR(TNL)和含卷曲螺旋(CC)N端结构域的 CC-NBS-LRR(CNL)。 鉴定木薯NBS-LRR基因家族成员 利用从Pfam数据库下载的 raw NBS HMM 在木薯基因组数据中鉴定NBS基因,再用这些基因构建木薯特异的 HMM模型,然...
com谷子 NBS-LRR 类基因家族全基因组鉴定及表达分析李任建 1 ,申哲源 1 ,李旭凯 2 ,韩渊怀 1 ,张宝俊 1(1. 山西农业大学 农学院,山西 太谷 030801; 2. 山西农业大学 生命科学院,山西 太谷 030801)摘要: 对谷子 NBS-LRR 类家族成员进行鉴定,并对其染色体分布、基因结构、保守基序、系统进化及表达水平进行...
番茄NBS_LRR抗病基因家族全基因组分析
1. NBS-LRR是最大的抗性基因家族之一 ; 2. 根据N端的Domains不同NBS-LRR分为两个亚族,含TIR的TIR-NBS-LRR(TNL)和含卷曲螺旋(CC)N端结构域的CC-NBS-LRR(CNL)。 鉴定木薯NBS-LRR基因家族成员 利用从Pfam数据库下载的raw NBS HMM 在木薯基因组数据中鉴定NBS基因,再用这些基因构建木薯特异的 HMM模型,然后...
拟南芥基因组NBS-LRR类基因家族的生物信息学分析
NBS.LRR基因及其类型,染色体 物理分布,系统发育学关系.【结果】在拟南芥全基因组中共有204 个NBS—LRR类基因,大多位于1号和5 号染色体上,其中71.6%的NBS—LRR类基因分布在基因簇内.对 NBS—LRR类基因家族进行了氨基酸 多序列比对和系统进化树分析,NBS.LRR类基因家族可分为四个亚 家族.另外,NBS—LRR基因在进化 ...
·研究报告· 生物技术通报 BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2018, 34(2):142-149 樟树 NBS-LRR 类抗病基因家族分析与 CcRNL 基因 克隆 郑永杰 伍艳芳 李江 章挺 汪信东 (江西省林业科学院 国家林业局樟树工程技术研究中心,南昌 330032) 摘要 : 樟树(Cinnamomum camphora L. Presl.)是自然界中较少受病...
三叶木通(Akebia trifoliata)是一种重要的多年生植物资源,由于其生长周期长,经常遭受各种病原菌的侵袭,其中白粉菌引起的白粉病是三叶木通主要病害之一,严重影响了其商业价值.植物基因组中最庞大的R基因家族是NBS抗性基因,它编码着含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复序列(LRR)的NLR蛋白,在植物抗病中发挥重要作用.为了...
分析确定NBS-LRR基因及其类型,染色体物理分布,系统发育学关系.【结果】在拟南芥全基因组中共有204个NBS—LRR类基因,大多位于1号和5号染色体上,其中71.6%的NBS—LRR类基因分布在基因簇内.对NBS—LRR类基因家族进行了氨基酸多序列比对和系统进化树分析,NBS-LRR类基因家族可分为四个亚家族.另外,NBS—LRR基因在进化...