因此,能够测定更长读长的序列(最长可达10kbp),且无需复杂的文库构建过程的第三代测序技术--纳米孔测序技术(Nanopore Sequencing)应运而生,近年来受到学界广泛的关注。 Nanopore Sequencing技术重要发展阶段 1993年,科学家第一次实现了利用DNA分子通过α−hemolysin纳米孔,这是整个纳米孔测序技术的基础和核心。 2008年...
新型纳米孔测序技术 新型纳米孔测序法（nanopore sequencing）是采用电泳技术，借助电泳驱动 单个分子逐一通过纳米孔来实现测序的。由于纳米孔的直径非常细小，仅允许 单个核酸聚合物通过，因而可以在此基础上使用多种方法来进行高通量检测。此外，纳米级别的孔径保证了检测具有良好的持续性，所以测序的准确度非常高。对于长...
长读长测序技术（Long-read sequencing）是一种高分辨率的测序技术，可以读取比传统测序技术更长的DNA片段。这种技术被广泛应用于基因组组装、基因检测、变异检测等领域。在长读长测序中，一种常见的分析方法是对测序数据进行str分析。Str分析是指对DNA序列中的重复序列进行分析，以揭示基因组中的结构变异和拷贝数变异。
一、工作原理 新型纳米孔测序法(nanopore sequencing);采用电泳技术。 Nanopore测序当中的核心部件是这个由蛋白质构成的纳米级的小孔,我们称之为“Pore”。 这个蛋白质插在一层电阻率很高的薄膜当中。薄膜的两侧都浸没在含有离子的buffer当中。在薄膜的两侧加上不同的电位,离子就会通过蛋白质小孔,从膜的一侧移动到膜的...
可以直接在pubmed上搜"nanopore sequencing",也可以在nanopore官网的publications一栏中找 nanopore官网: https://nanoporetech.com/publications pubmed: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=nanopore+sequencing 从文章最开始的视频中,我们会发现nanopore测序技术与二代测序技术差异很大,这也导致后续的分析与二...
15. Quick, J. et al. Rapid draft sequencing and real-time nanopore sequencing in a hospital outbreak of Salmonella. Genome Biol. 16, 114 (2015).
结合加权基因共表达网络分析和转录本差异表达分析找到了参与初级生长、次级生长的关键转录因子。本项研究证明了Nanopore sequencing technology为调查种子植物器官发育提供了一种经济高效的方法。 原文链接:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2021.615284/full...
nanopore sequencing 因为可以读取全长并且直接捕获RNA序列而不需要担心反转录过程中的实验影响而比较适合于RNA修饰的检测。 3. 文献研究 (开了坑不过没时间跟踪这些文献了,先留个坑,之后有空做到这个部分分析的时候再来补) 3.1 Nanopore direct RNA sequencing maps the complexity of Arabidopsis mRNA processing and ...
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长读长单分子测序技术(Long read single-molecule sequencing technology)又称第三代测序技术TGS(Third-Generation Sequencing),早在2004年,由美国太平洋生物科学公司Pacific Biosciences (PacBio)创立的实时(SMRT)测序是最早被广泛使用的长读测序技术,SMRT测序产生的Reads可达到约200 kb。其提供了技术上的优势,以鉴定遗传...