Oxford Nanopore优化方向 相比于PB来说,ONT似乎更开放一些,每年两次的大型专场会议London Calling(LC)和Nanopore Community Meeting(NCM)都会邀请众多科学家和开发者分享他们的成果,而且会在其官网上及时更新相关的讲座视频。在这两个会议上ONT都会由他们的CTO来介绍他们的研发进展和计划,主要围绕着机器更新、生化、算法来...
1.通过纳米孔社区(Nanopore Community)获取该方案: https://community.nanoporetech.com/posts/viral-metagenomics-protoco。 2.获取EPI2ME实验室分析流程: https://labs.epi2me.io/basic-monkeypox-workflow/。 3.完整的SSRN文献DOI: http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.4132526。 点击加入基因俱乐部 成就行业精英 目...
在本次检测中作者参照常规培养检测阈值（105病原/mL样本）建立了基于测序的thresholds，对应病原物种reads≥1%时为阳性，抗性基因则是大于等于一个比对（alignment）。本次实验中也设计了对应的病原菌添加实验检测了优化方法的检测线（LoD）以及评价了基于qPCR检测的mock community实验检测核心依赖saponin去除宿主DNA方法对...
Nanopore之“Q20+”技术简介及实测结果分享 Oxford Nanopore Technology在Nanopore 科研团体大会(Nanopore Community Meeting)上宣布了技术更新以及一系列产品的发布和升级。其主要内容是新技术“Q20+”的内容的发布。 “Q20+”是什么? “Q20+”,顾名思义和准确度息息相关,这是一种包含最新“Q20+”化学试剂并支持...
”注 01通过纳米孔社区（Nanopore Community）获取该方案：https://community.nanoporetech.com/posts/viral-metagenomics-protoco 02获取EPI2ME实验室分析流程：https://labs.epi2me.io/basic-monkeypox-workflow/ 03预售活完整的SSRN文献DOI：http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.4132526 7月14日，Oxford Nanopore将...
The Oxford Nanopore MinION: delivery of nanopore sequencing to the genomics community. Genome Biol. 17, 239 (2016). Article PubMed PubMed Central Google Scholar van Dijk, E. L., Jaszczyszyn, Y., Naquin, D. & Thermes, C. The third revolution in sequencing technology. Trends Genet. 34...
本次实验中也设计了对应的病原菌添加实验检测了优化方法的检测线(LoD)以及评价了基于qPCR检测的mock community实验检测核心依赖saponin去除宿主DNA方法对细菌DNA的损伤大小。最后也开展了细菌基因组拼接的工作。 三、主要结果 通过预实验对40个疑似LRI样本的高通检测发现该方法可以达到91.4%的敏感(sensitive)度和100%的...
环境微生物领域业内权威期刊杂志Applied and Environmental Microbiology(简称AEM)在线发表了华中农业大学陈雯莉教授团队的研究成果,ONT 16S rRNA评测文章,文章题目为“The Newest Oxford Nanopore R10.4.1 Full-length 16S rRNA Sequencing Enables the Accurate Resolution of Species-Level Microbial Community Profiling”。
手上虽然没有“便宜”的纳米孔测序仪,但是借助科学研究者的数据,依然可以对其一探究竟。这里,我在牛津纳米孔公司官网看到了几篇最新发表的采用其技术浓度测序16S的文献,下载了原始数据,学习一下测16S的可行性和数据分析方法。 令我大跌眼镜的原始数据 随便拿了几个数据,fastqc来看一下,好家伙,质量确实有点低,当然...
如您有任何全长转录组等相关问题,欢迎扫描以下二维码,我们将竭尽全力为您答疑、设计方案和提供高分成功案例等。 【有疑问?扫我啊】 参考链接: https://github.com/nanoporetech/ont_tutorial_basicqc https://community.nanoporetech.com/knowledge/bioinformatics...