1. 基因组进化研究：MUSCLE常用于基因组进化部分，因为构建进化树和计算选择压力时，都需要将序列对齐。由于MUSCLE小而快，它成为这类应用的首选工具。2. 蛋白质序列分析：MUSCLE可用于蛋白质序列的比对，帮助研究者发现序列间的保守区域和功能域，进而分析蛋白质的结构和功能。3. 核酸序列分析：除了蛋白质序列，MUSCLE...
Muscle的基本用法如下: 1.在命令行界面输入muscle -in seqs.fa -out seqs.afa,其中seqs.fa是需要进行比对的序列文件,seqs.afa是比对结果文件。 2.如果输入的序列文件中存在gap,Muscle会先去除这些gap,然后进行多序列比对。 3.默认情况下,Muscle输出的比对结果文件为fasta格式,并且支持phylip、msf、clustalw等其他...
我描述了Muscle5,一种新型算法,它通过扰动隐藏马尔可夫模型并排列其指导树,构建出高精度比对集合,具有多样的偏差。对于支持一个推断的集合分数,可以评估置信度。应用于系统发育树估计,我展示了比对集合可以自信地解决标准方法下具有低bootstrap值的拓扑,反之,一些具有高bootstrap值的拓扑是错误的。应用于RNA病毒的系统...
通过比对,可以发现序列间的相似性,这对于后续的系统发育分析、功能预测、结构建模等研究至关重要。 在使用Muscle进行比对时,可以通过调整不同的参数来优化比对结果。下面介绍一些常见的比对参数及其作用: 输入输出格式:Muscle支持多种序列输入格式,如FASTA、PHYLIP等,用户可以根据需要选择合适的格式。同时,比对结果也可以...
muscle是最为广泛使用的多序列比对工具之一,其速度和准确度比clustal都要更加优秀,在几秒钟的时间就可以完成上百条序列的比对,而且用法简单。官网如下 https://www.drive5.com/muscle/ 在下载页面,提供了多个操作系统的可执行文件。 linux下安装的代码如下 ...
1. 本功能位于“序列处理”下,上传提交既可得到比对完成的序列文件。 2. 本工具基于5.1版本的MUSCLE实现,您在使用时无需下载新的软件或输入命令,只需要点击上传,分析完成后下载结果即可。 3. MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款强大的多序列比对工具。速度快、精度高,可以同时比对多条序列,综合性能优...
Muscle 进行多序列比对 MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件,在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候,大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。 MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件,在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行...
两个版本的 MUSCLE 比对软件参数不能说有差别,只能说完全不同。趁着假期,我干脆就还是学习了 2021年 MUSCLE v5 的 Nat Comm 论文。Emmm...新版本的muscle从算法上和v3完全不同,基于文稿描述,现在的 MUSCLE v5 就是又快又准。早前有评测论文,提出 MUSCLE 最快,MAFFT最准,但评测的是 MUSCLE v3。对于 MUSCLE...
序列比对Muscle和ClustalW的区别序列比对在MEGA或其他软件中做序列比对时,往往会有align by muscle和align by clustal W两种方法,那它们有什么区别,使用时怎么选择呢? 在MEGA或其他软件中做序列比对时,往往会有align by muscle和align by clustalW两种方法,那它们有什么区别,使用时怎么选择呢? ClustalW的基本原理是...
序列比对是生物信息学中常见的一项基础工作。而Philip格式则是一种用于存储序列比对结果的格式。在本文中,我将首先介绍肌肉(muscle)序列比对的基本原理和流程,然后深入讨论Philip格式的特点和应用,最后结合个人观点和理解进行总结。 1. 肌肉(muscle)序列比对 肌肉是一种常用的序列比对工具,它能够对蛋白质序列进行高效、...