参考博文:http://sobereva.com/443vmd.rc文件最后一行加入以下语句:proc iso {} {source ESPiso.vmd} proc iso2 {} {source ESPiso2.vmd} proc pt {} {source ESPpt.vmd} proc pt2 {} {source ESPpt2.vmd} proc ext {} {source ESPex, 视频播放量 1881、弹幕量 0、点赞数
二、查看体系能量范围 在Multiwfn中导入.fchk文件,依次输入12—0,记录实际体系的静电势范围 1 a.u. = 627.15 kcal/mol = 1 Ha = 27.2114 eV = 2625.500 kJ/mol 三、绘制ESP 1.打开VMD,在Extensions—Tk Console模块中输入source ESPiso.vmd命令 2.根据实际体系的ESP范围,调节Color Scale取值 打开Graphics—R...
然后将窗口截屏并且粘贴进之前的ps窗口。 选择魔棒工具,容差设0,连续的对勾取消,然后点击图中绿色区域把背景区域选上,之后按delete键去除背景。 将图层2的不透明度改为40%,这样分子结构就会显示为半透明。 裁剪掉多余的部分,ps窗口里的图像目前如下所示。蓝色的区域静电势为负值,红色的区域静电势为正值,白色的区域...
如在最后一步输入iso后提示 couldn't read file "ESPiso.vmd": no such file or directory 则需要在Multiwfn\examples\drawESP文件夹中找到相应的.vmd文件复制到VMD文件夹中 一般为以下三个 需要复制的文件 问题即可解决 By the way 文件名和路径不能含有中文和空格,前者高斯路径识别错误,后者无法生成文件 泛函...
Multiwfn快速绘制静电势后，是可以输出各个区域的极值，但是我希望给出局部整个白色区域的静电势的总值和...
而用更便宜的n=1的时候往往会造成VMD里显示的分子表面静电势图在个别地方颜色有轻微瑕疵（轻微发白，...
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析 Using Multiwfn to perform basin analysis for electron density, ELF, electrostatic potential, density difference and other functions 文/Sobereva@北京科音 First release: 2013-Mar-27 Last update: 2023-Jun-16 ...
本文介绍的通过Multiwfn的定量分子表面分析功能结合VMD和photoshop作分子表面静电势图既不比使用Gaussview快,步骤也比它复杂,但是优点十分显著,就是可以在分子表面上显示出静电势极值点位置,可以十分灵活地调节显示效果,而且还可以通过相同的方法绘制出分子表面上静电势以外的实空间函数的分布,比如平均局部离子化能、局部...
fch这个文件，选择主功能5，分功能12，选项2，待计算完毕后，输入-1，打开图形界面，，得到静电势图并...
Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)有十分强大的静电势分析功能,按照《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443)的做法还可以非常方便地结合VMD绘制效果很好的分子表面静电势图,此方法已经被大量文章所使用。此文中有一个脚本是ESPiso.bat,它会调用Mul...