Title An R Package for Exploring Molecular Signatures Database Version1.0 Description The Molecular Signatures Database('MSigDB')is one of the most widely used and comprehensive databases of gene sets for performing gene set enrichment analysis<doi:10.1016/j.cels.2015.12.004>.The'msig'package ...
首先查看可供选择的物种信息 使用msigdbr()函数可以得到想要的基因集,其中category参数可以指定基因集的类别,比如“H”或者“C1” 之后可以利用split函数把...
可以从MSigDB 直接下载基因集,GSEABase包getGmt()函数导入数据;但是从MSigDB 的数据主要是人源的,其他物种少一些。 如果通过改变基因大小写来进心人源和鼠的基因转化,会有一小部分基因失败。 不使用msigdbr包,biomaRt 可以进行物种间同源基因转换;但是会面对一对多的情况。 Ge Lab Gene Set Files 也提供多个物种的...
sapiens human 8 Mus musculus house mouse 9 Rattus norvegicus Norway rat 10 Saccharomyces cerevisiae baker's or brewer's yeast 11 Sus scrofa pig > temp=msigdbr(species = "Mus musculus") > head(temp) # A tibble: 6 x 17 gs_cat gs_subcat gs_name entrez_gene gene_symbol human_entrez_ge...
可以从MSigDB 直接下载基因集,GSEABase包getGmt()函数导入数据;但是从MSigDB 的数据主要是人源的,其他物种少一些。 如果通过改变基因大小写来进心人源和鼠的基因转化,会有一小部分基因失败。 不使用msigdbr包,biomaRt 可以进行物种间同源基因转换;但是会面对一对多的情况。 Ge Lab Gene Set Files 也提供多个物种的...