去broad官网下载msigdb数据库文件很麻烦 我在:借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法和对单细胞表达矩阵做gsea分析的两个教程里面提到过,MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb需要注册才能下载。 但是这个GitHub包,ncborcherdin...
在进行基因表达数据的分析时，MSigDB数据库是一个重要的资源，它定义了一系列已知的基因集合。通常，访问其数据需要在software.broadinstitute.org上进行注册下载。这个过程可能相对繁琐。然而，一个名为ncborcherding/escape的GitHub包为了解决这个问题提供了便利。这个包内部包含了MigDB中的所有基因集，包括H...
【佳学基因】基因检测的数据库基础:MSigDb。 佳学基因基因解码基因检测采用的高通量技术,如微阵列和下一代测序,可以在基因组规模上测量基因活性。佳学基因的转录分析,可以在一次实【佳学基因检测】基因检测的数据库基础:MSigDb 佳学基因基因解码基因检测采用的高通量技术,如微阵列和下一代测序,可以在基因组规模上...
确实，去Broad官网下载MSigDB数据库文件的过程可能相对繁琐，但有以下简便方法可供使用：使用msigdbr R包：安装简便：你可以通过R语言安装msigdbr包，该包已经包含了MSigDB中的所有基因集，包括H系列和C1C7八个系列。安装过程简单，只需在R中运行相应的安装命令即可。高效实用：尽管MSigDB数据库内容庞大，但...
Mouse MSigDB第一版(v2022.1Mm)发布,收集了约1.6w个基因集,可以直接用于小鼠数据集的GSEA分析,并且出了新版的human MSigDB(v2022.1.Hs)。 这里我们重点来看看Mouse基因集。 图2. Mouse基因集 收集以下Mouse基因集。 MH:mouse-ortholog hallmark gene sets (50个) ...
我在:借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法 和对单细胞表达矩阵做gsea分析的两个教程里面提到过,MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 需要注册才能下载。 但是这个GitHub包,ncborcherding/escape文档,在:http://www.bioco...
我在:借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法 和 对单细胞表达矩阵做gsea分析的两个教程里面提到过,MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software.bro…
Mouse MSigDB第一版(v2022.1Mm)发布,收集了约1.6w个基因集,可以直接用于小鼠数据集的GSEA分析,并且出了新版的human MSigDB(v2022.1.Hs)。 这里我们重点来看看Mouse基因集。 图2. Mouse基因集 收集以下Mouse基因集。 MH:mouse-ortholog hallmark gene sets (50个) ...
我在:借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法和对单细胞表达矩阵做gsea分析的两个教程里面提到过,MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software./gsea/msigdb 需要注册才能下载。 但是这个GitHub包,ncborcherding/escape文档,在:http://www./packages/release/bioc...