4. 验证转换后的LAMMPS data文件 打开生成的data文件,检查其中的原子坐标、力场参数等信息是否正确。 在LAMMPS的in文件中,使用read_data data.dat命令来读取转换后的data文件,并进行后续的模拟计算,以验证data文件的正确性。注意事项 确保MS中赋予的力场与在msi2lmp命令中指定的力场一致。 如果在转换过程中遇到问题,...
使用msi2lmp工具：对于初次接触分子模拟的用户，推荐使用msi2lmp工具将MS构建的初始模型转出data文件。关注Atoms信息：在转换过程中，特别注意Atoms信息的full原子类型，确保与LAMMPS官网中”read_data”页面要求的格式一致。修改data文件：根据官网和文献，确保coeffs参数的格式正确，并适时修改data文...
,一是ms建模、forcite设置力场并导出car文件 ,二是msi2lmp将car转为data文件。 任何一个环节出错都会导致无法得到data文件,最容易出错的是forcite力场设置环节。 forcite力场设置出错原因有很多,一个原因是缺乏某类原子的力场参数。 msi2lmp软件只能转换cvff或pcff力场的car文件,因此,如果力场中不包含某类原子的参数,...
使用MS建模在LAMMPS建模中颇为重要，但转换至DATA文件过程中会遇到多种错误。MS模型转DATA文件流程分为两个步骤，首先是MS建模、设置力场并导出CAR文件，其次是MSI2LMP将CAR文件转至DATA文件。任一环节出现错误将阻碍DATA文件生成。forcite力场设置环节是最常见的出错点。forcite设置力场错误原因多样。首先，...
红线框里面的style是MS导出的格式，如果自己正式的体系，在in文件or data文件按照自己的style格式修改即可...
MS建立气液界面模型并转换为lammps的data文件 睡不醒_哈 1.0万 0 54:54 lammps最最基础入门(结合ovito,MS,把模型跑起来) Uroberman 2.6万 6 30:26 lammps最最基础入门(重录,精简版) Uroberman 1.2万 1 3:07:46 lammps中建模过程的讲解-in和data文件的讲解 凌空难负 1.4万 12 ...
对于初次接触分子模拟的用户，MS构建初始模型后常使用msi2lmp转出data文件。MS具备构建复杂复合体系的能力，例如金属体系+聚合物或有机物+气液客体分子，尤其在涉及分子成键体系时，MS转data文件需注意以下几点，以有效避免和解决运行过程中的错误。在转换数据文件时，关注Atoms信息的full原子类型，查找LAMMPS...
MS氢气建模并转换为lammps data文件 前一次推文给出了氢气压缩模拟(lammps案例:npt系综练手,H2压缩模拟),有同学咨询氢气建模方法,本文简单介绍一下氢气建模步骤: (1)在MS中新建模型文件,点击添加H原子按钮,在中间工作区连续点击2次,画出H2分子。 (2)使用AC模块建立含有500个氢气分子的模型。
可能是在生成data文件的时候缺少了相关的参数，可以查看一下相应的原子成键参数在in文件里是否存在。例如...
运行总会停留在read data文件的步骤，报错为Error:must define pair_style before pair coeffs。 有人...