转录组测序是高通量测序中最常见也是使用非常广泛的一种测序手段,通过转录组测序可以得到样本在特定条件下转录水平的基因表达差异等信息。 一 转录组概念简述 转录组测序(RNA-seq,RNA sequencing)指针对某一特定时期、特定条件下转录的所有mRNA进行高通量测序。有真核转录组和原核转录组之分,由于m RNA结构的区别 其建...
—原始数据— 基于边合成边测序(Sequencing By Synthesis,SBS)技术,Illumina 高通量测序平台对cDNA文库进行测序,产出大量的高质量Data,称为原始数据(Raw Data),其大部分碱基质量打分能达到或超过Q30。 Q,碱基质量值,含义是每个碱基的正确识别率,是衡量测序质量的重要标准 碱基质量值越高代表碱基识别越可靠,准确度越高...
转录组和基因组层面融合差异(https://www.cnblogs.com/aipufu/p/11615336.html) ❝ 基因融合的鉴定,可以基于全基因组测序数据(whole-genome sequencing,WGS),也可以利用转录组测序数据(RNA-seq),或者二种技术结合起来更好。「WGS鉴定出的基因融合」,基本能确定是由于基因组层面发生某种变异而引起的,但如果没有转...
FPKM的计算方式与RPKM是一样的,只不过用fragment替换掉了reads。 single cell RNA 3'-end sequencing 我们在单细胞3' RNA测序中,很重要的工作就是衡量不同基因的表达情况,但是我们是用CPM还是RPKM还是FPKM呢?实际上,你只能并且只会用到CPM,试想一下,3'端测序难道不是测到一个read就是相当于一个mRNA吗?这个数...
5.Zhou YJ, Zhu GQ, Zhang QW, et al. Survival-Associated Alternative Messenger RNA Splicing Signatures in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: A Study Based on RNA-Sequencing Data. DNA Cell Biol. 2019;38(11):1207-1222. doi:10.1089/dna.2019.4862 ...
4. Wang C, Gong B, Bushel PR, et al. The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and tran abundance. Nat Biotechnol. 2014;32(9):926‐932. doi:10.1038/nbt.3001. 5. Moll, P., Ante, M., Seitz, A. et al. QuantSeq 3′ mRNA sequencing for RNA...
研究人员以果蝇（Drosophila）为研究对象，为了研究转录起始、外显子使用率以及APA，研究人员发展了一种长读长测序（long-read sequencing, LRS）注释方法。研究人员选择了果蝇的三个组织，分别为成年大脑（这个组织含有最多的mRNA亚型以及最长的mRNA亚型），不同发育阶段的胚胎以及成年卵巢。研究人员富集了3kb以上的转录...
研究人员以果蝇 (Drosophila) 为研究对象,为了研究转录起始、外显子使用率以及APA,研究人员发展了一种长读长测序(long-read sequencing,LRS) 注释方法。研究人员选择了果蝇的三个组织,分别为成年大脑 (这个组织含有最多的mRNA亚型以及最长的mRNA亚型) ,不同发育阶段的胚胎以及成年卵巢。研究人员富集了3kb以上的转录本...
In order to further optimize the operation on chip, we firstly compared the quality of sequencing data for ERCC experiment by using Paired-seq with enzymatic process on and off chip (in tube). The results showed that the percentages of mapped reads for enzymatic process on chip were ...
Study design and overview of small RNA- and mRNA-sequencing data Paired small RNA- and mRNA-seq was performed on CD138 + cells isolated from bone marrow aspirates of 86 MM patients (Fig. 1A). On average, 54 million reads were mapped to the human genome (Additional file 1, Fig. ...