mrna seq原理 mRNA测序(mRNA Seq)原理 引言: mRNA测序(mRNA Seq)是一种用于研究基因表达的高通量测序技术。通过mRNA测序,可以获得基因转录产物(mRNA)的序列信息,进而了解基因在不同组织、不同细胞状态下的表达水平和调控机制。本文将介绍mRNA测序的原理及其在生命科学研究中的应用。 一、mRNA测序的原理 mRNA测序是在...
一、mRNA测序的原理 mRNA测序主要包括以下几个步骤:RNA提取、RNA逆转录、二代测序和数据分析。 1. RNA提取 需要从细胞或组织中提取总RNA。总RNA是包含了细胞内所有的RNA种类,其中包括mRNA、rRNA和tRNA等。提取RNA的方法有多种,常用的包括酚-氯仿法和商业化的RNA提取试剂盒。 2. RNA逆转录 提取到的总RNA中含有...
Illumina RNA-Seq的原理是通过富集mRNA（polyA富集）或去除rRNA，产生片段化的RNA序列，然后将RNA逆转录生成双链cDNA，在片段末尾加入测序接头后进行PCR扩增。cDNA分子聚集在流动池，通过DNA合成体系中的3’端封锁荧光标记的核苷酸底物读取荧光信号，从一端（单端测序）或两端（成对末端测序）进行测序。常用的方法包括TAIL...
因此,该原理通常用于 3' mRNA-Seq 流程,例如QuantSeq。3'-Seq 的完整工作流程得到了有效缩短,并且由于专注于 3' 末端,它也适用于降解的 RNA。 也可以通过 oligo(dT) 反转录产生全长 cDNA。对于这些流程,逆转录反应针对长片段的生成进行了优化,并且 5' 端通常通过依赖帽的捕获方法或模板置换进行富集。 3. 酶...
首先,我们要区分两个概念:RNA测序(RNA-Seq)和DNA测序(DNA-Seq)。RNA测序主要是在转录组(转录组是指在某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等)范围内分析基因表达的方法,而DNA测序才是直接反映基因组序列的测序方法。RNA是由DNA转录而来,其水平当然可以反映DNA的一...
有研究利用RNA-Seq研究体外转录反应产物序列和产量分布情况,发现IVT反应中的RNA产物末端可以折回形成发卡结构,将自身变成引物,在3'端添加NTPs,会产生超过预期长度产物的RNA,并且随着RNA产物浓度的升高,此过程会跟以DNA为模板的正常转录过程发生竞争。以上过程,可以看作是独立于启动子序列的聚合酶活性反应。而且此过程可...
(3)选择性引物扩增法:通过预先设计一系列的具有非 rRNA 偏好性的 NSR 引物, 然后使用这些 NSR 引物选择性扩增 rRNA 以外的转录本。相应试剂盒有Ovation prokaryotic RNA-seq system (NuGEN)等; 图5. 选择性引物扩增法原理图 (4)免疫共沉淀法:与 RNA 结合蛋白 Hfq 等免疫共沉淀法由于 Hfq 能够高效地结合 sR...
RNA-Seq是一种高通量测序技术,可以对全转录组进行测序。通过RNA-Seq,可以得到每个基因的mRNA序列的数量信息,从而推断基因的表达水平。RNA-Seq的优势在于不需要事先知道基因的序列,且可以检测低表达基因和新基因。 3. 基因芯片 基因芯片是一种常用的高通量平行检测技术。它通过固定在芯片上的DNA探针与待测样品中的mR...
本教程着眼于适用面最广的表达量检测,尝试对GEO数据库中的一批二代RNA-seq数据进行下载和自己重新处理。 从原始文件到表达矩阵! mRNA-seq的上中游数据处理流程大致可以分为如下步骤: 原始数据质检→低质量碱基去除+低质量reads过滤→(过滤数据的再次质检)→reads比对到参考基因组→格式转换→去除多重比对的低质量比对...