mr_ivw_mre Inverse variance weighted (multiplicative random effects) FALSE FALSE mr_ivw_fe Inverse variance weighted (fixed effects) FALSE FALSE mr_simple_mode Simple mode TRUE FALSE mr_weighted_mode Weighted mode TRUE FALSE mr_weighted_mode_nome Weighted mode (NOME) FALSE FALSE mr_simple_mode...
除simple mode外,这些关联在其他分析中基本一致,包括weighted mode、weighted median和MR-Egger。未发现异质性和多效性(异质性P>0.05,多效性P>0.05)。 在复制阶段,基于Wald比率或IVW方法(表1和图3),在FinnGen或UKBB数据集中成功验证了10种蛋白质(P<0.05)。在这三个来源的meta分析中,11种蛋白质显示出显著的...
# 1 Body mass index || id:ieu-a-2 MR Egger 79 # 2 Body mass index || id:ieu-a-2 Weighted median 79 # 3 Body mass index || id:ieu-a-2 Inverse variance weighted 79 # 4 Body mass index || id:ieu-a-2 Simple mode 79 # 5 Body mass index || id:ieu-a-2 Weighted mode 7...
1、血液代谢物与膀胱癌的因果关系 筛选了400多种血液代谢物，产生了3335个用于静脉注射的SNP。使用Inverse Variance Weighted (IVW)、MR-Egger、Weighted Media、Simple Mode和Weighted Mode五种算法所有血液代谢物与膀胱癌的因果关系，IVW算法获得14个阳性结果。敏感性分析结果显示没有明显的异质性或多效性。2、预后...
在weighted median中抑郁与肾结石风险升高的因果关联得到验证(OR 1.34, 95 % CI 1.07–1.69, P = 0.012)。但在weighted mode中无显著相关性(OR 1.42, 95 % CI 0.72–2.80, P = 0.313)。去除outliers后,MR-PRESSO也显示抑郁症增加了肾结石风险(OR 1.31, 95 % CI 1.09–1.58, P = 0.005)(Table 3)。
MR默认使用五种方法(MR Egger,Weighted median,IVW,Simple mode,Weighted mode),但我们可以额外指定方法,使用mr_method_list()查看当前支持的统计方法。在MR函数中,method_list参数指定添加想要使用的方法即可,代码如下: res <- mr(dat) res mr_method_list()##查看mr支持的MR分析方法 ...
贝叶斯加权孟德尔随机化实战操作 现在大部分人都会用TwoSampleMR做孟德尔随机化分析了，这个包最常用的五种算法就是：MR Egger、Weighted median、Inverse variance weighted、Simple mode、Weighted mode，其实这些算法审稿人早就看腻了，能不能添加一些额外的算法呢？或者弄多一种额外的算法来验证自己之前的孟德尔随机化...
4 Body mass index || id:ieu-a-2 Simple mode 79 0.3401554 0.15562464 5 Body mass index || id:ieu-a-2 Weighted mode 70.3888249 0.09681892 pval 1 8.012590e-04 #在MR-Egger的intercept分析时,P必须大于0.05,否则IVW结果不可靠 2 7.699254e-08 ...
作者使用四种 MR 方法(MR-Egger、Weighted median、Simple mode和Weighted mode)做出了不同的估计,用于生成效应估计值作为敏感性分析。还评估了水平多效性,使用 Cochrane's Q 检验评估了异质性,使用留一分析检测 SNP 异常值。结果显示IVW检验和MR-Egger回归的Q统计量均未显示显著异质性。MR-Egger 截距的 P 值介...
默认五种方法(五列):MR Egger、Weighted median、Inverse variance weighted、Simple mode和Weighted mode。只要上表后面的P值有意义,就可以。 IVW是最早使用的方法,也是最常用的。该方法中文叫做逆方差加权法,它的特点是回归时不考虑截距项的存在并且用结局方差(se的二次方)的倒数作为权重来进行拟合。它需要SNP完全...