参考:Qingyuan Zhao, Jingshu Wang, Jack Bowden, Dylan S. Small. Statistical inference in two-sample summary-data Mendelian randomization using robust adjusted profile score. 写作:We propose a consistent and asymptotically normal estimator by adjusting the profile score.MR-RAPSenables large numbers of ...
首先,文章创新性的关注了衰弱的肠道内稳态失衡起源的新假说,从肠道微生物层面研究衰弱的机制; 其次,文章采用5种方法(逆方差加权(IVW)、MR-Egger、加权中位数、加权模式和稳健校正Profile评分(RAPS))探讨肠道菌群与衰弱的因果关系; 此外,文章设计的数据量庞大,本研究协调了来自美国、加拿大、以色列、韩国、德国、丹麦...
MR estimations like IVW,weighted median, MR-Egger,RAPS,and so on; Sensitivity analysis like Cochran Q test(异质性检测),Egger-intercept test(多效性检测), leave-one-out analysis Risk factor analysis Power analysis(推荐达到80%) 3.Result(呈现方法的结果) 4.Discussion findings(开门见山,发现了什么...
2.单变量MR分析对于单变量MR分析(UVMR),随机效应逆方差加权(IVW)方法作为因果关系推断的主要分析。使用包括稳健调整轮廓评分(RAPS),加权中位数和MR-Egger法在内的多种替代方法来评估MR结果的稳健性。使用Bonferroni校正确定每个特征水平的多重检验显著性。进行敏感性分析以检测是否违反了MR假设:留一法评估汇总效应值...
为了评估研究结果的稳健性,我们还使用依赖于不同假设的方法进行了敏感性分析,包括weighted median、MR-Egger、MR-RAPS以及MR-PRESSO。为了确定工具效果的方向,应用了Steiger filtering。对于横断面分析,我们使用多变量线性回归评估了HbA1c(%)与衰老生物标志物的相关性,并根据以前的研究调整了潜在的混杂因素,包括招募时的...
MR.RAPS(Robust Adjusted Profile Score)是最近提出的一种方法,它考虑了 SNP 暴露效应的测量误差,在存在许多(如数百个)弱工具变量时无偏倚,并对系统性和特异性多效性具有鲁棒性。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 res <- mr(dat, method_list = c("mr_raps")) MR Steiger 方向性测...
# 16 mr_raps # 17 mr_sign # 18 mr_uwr # 省略 如果你要更改方法也是非常简单: mr(dat, method_list = c("mr_egger_regression","mr_ivw")) # Analysing 'ieu-a-2' on 'ieu-a-7' # id.exposure id.outcome outcome # 1 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7 ...
如果你在安装TwoSampleMR包时遇到问题,不妨试试以下步骤: 确保R、Rstudio和Rtools已正确安装,并且版本互相适配。 安装TwoSampleMR包的依赖包: install.packages("car") install.packages("glmnet") install.packages("MendelianRandomization") install.packages("meta") install.packages("mr.raps") install.packages...
两个样本孟德尔随机化研究由 IVW、RAPS、MR.Corr 和 BWMR 方法。本研究纳入了神经胶质瘤相关 CGGA 队列和 Rembrandt 队列。进行 ssGSEA 、 方差表达和 KEGG 分析神经胶质瘤患者精神疾病相关基因表达谱和相关功能富集。研究结果:ADHD 对所有神经胶质瘤均具有提示性风险影响 (OR = 1.15,95%CI = 1.01--1.29,P ...
The tests using mr.raps are now run conditionally. The rsnps package has been removed from Suggests because the configuration of mr.raps has been corrected.Assets 2 Source code (zip) 2025-03-06T09:56:18Z Source code (tar.gz) 2025-03-06T09:56:18Z ...