egger intercept和mrpresso都没有水平多效性 稍微差一点的结果: 主要查看ivw的值,pval<0.05,其他结果方向相同,pval>0.05 可以有异质性,但是不能有水平多效性 水平多效性可以从egger intercept和mrpresso Global Test结合确定 mrpresso可能去除离群值后,还是有水平多效...
mr_pleiotropy_test(dat) # 从上述结果看,MR-Egger的egger_intercept和0没有统计学差异(pval > 0.05),因此我们可以认为没有水平多效性的存在。 # (3)逐个剔除检验 (Leave-one-out sensitivity test):主要是逐个剔除IV后计算剩下IV的MR结果,如果剔除某个IV后其它IV...
MR-Egger回归流程包括以下三点: (1)使用所有SNP的效应估计进行回归分析 (2)通过回归得到校正的因果效应估计 (3)MR-Egger还提供了一个截距项,可以用来检测和校正某些偏倚。MR-Egger的截距项egger_intercept和0进行统计检验,没有统计学差异,也就是P value> 0.05,可以认为没有水平多效性的存在。 「水平多效性(Hor...
(1)异质性检验(Heterogeneity test):主要是检验各个IV之间的差异,如果不同IV之间的差异大,那么这些IV的异质性就大。 (2)多效性检验 (Pleiotropy test):主要检验多个IV是否存在水平多效性,常用MR Egger法的截距项表示,如果该截距项与0差异很大,说明存在水平多效性。除此以外,MR-PRESSO包也是常用的检验水平多效...
代谢组学和免疫组学中的阳性结果定义如下:IVW的P值< 0.05,FDR检验阳性,Q检验异质性的P值> 0.05,Egger_intercept检验P值> 0.05,MR-SAMO的p值> 0.05。同时,作者使用MR Egger进行水平多重效度检验,其P值也应大于0.05。在作者的多重敏感性试验筛选后,作者以高置信度筛选了阳性结果。
1 8.012590e-04 #在MR-Egger的intercept分析时,P必须大于0.05,否则IVW结果不可靠 2 7.699254e-08 3 4.032020e-14 #IVW的P值<0.05,其他的大于0.05也可以当作阳性结果,但其他方法的beta值与IVW方向必须一致 4 3.183437e-02 #若方向不一致,将p值逐渐缩小 5e-9 ...
从上述结果看,MR-Egger的egger_intercept和0没有统计学差异(pval > 0.05),因此我们可以认为没有水平多效性的存在。 第三部分 逐个剔除检验 代码如下: single <- mr_leaveoneout(mydata)mr_leaveoneout_plot(single) 从上图来看,无论去除哪个SNP都不会对结果产生根本影响(所有的线条均在0的右侧),那就是说这...
# (2)多效性检验 (Pleiotropy test):主要检验多个工具变量是否存在水平多效性,常用MR Egger法的截距项表示,如果该截距项与0差异很大,说明存在水平多效性。除此以外,MR-PRESSO包也是常用的检验水平多效性的R包。 mr_pleiotropy_test(dat) # 从上述结果看,MR-Egger的egger_intercept和0没有统计学差异(pval >...
(dat) id.exposure id.outcome outcome exposure egger_intercept se pval1 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7 Body mass index || id:ieu-a-2 -0.001719304 0.003985962 0.6674266> ## 9,留一法分析> res_loo = mr_leaveoneout(dat)> mr_leaveoneout_plot(res_loo)$`ieu-...
id.exposure id.outcome outcome exposure egger_intercept se pval1 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7 Body mass index || id:ieu-a-2 -0.001719304 0.003985962 0.6674266 「单SNP分析」 res_single <- mr_singlesnp(dat)p2 <- mr_forest_plot(res_single)p2[[1]] ...