复制此段文字和链接,微信聊天窗口发送后打开【免费学习】孟德尔随机化法课程https://admin.sdlian.cn/l/ixWBMs7KWx附赠【最全实验protocol包】, 视频播放量 1745、弹幕量 0、点赞数 14、投硬币枚数 2、收藏人数 44、转发人数 8, 视频作者 酸菜教科研, 作者简介 酸菜,解螺
MR-Egger的截距项egger_intercept和0进行统计检验,没有统计学差异,也就是P value> 0.05,可以认为没有水平多效性的存在。 「水平多效性(Horizontal Pleiotropy)」:水平多效性发生在当一个SNP不仅通过其与暴露的关联来影响结果,还通过其它SNP间接或直接影响结果。这可能违反了MR的一个核心假设(即SNP只能通过暴露来影...
这个其实有点坑,会让很多刚入门的小伙伴认为mydata的所有SNP都是用来计算MR结果的。 最后,咱们只要简单使用mr()函数即可,代码如下: res <- mr(mydata) res 具体的输出结果如下图所示: 从图中我们不难看出,5种方法计算出来的结果是比较一致的,虽然MR Egger方法不显著,但是Inverse variance weighted (IVW)和...
孟德尔随机化,MR-Egger回归与其截距项 CodeMedicine 2172 0 09:47 孟德尔随机化法,MR可视化实操,异质性检验,多效性检验 酸菜教科研 777 0 05:36 孟德尔随机化,异质性Heterogeneity statistics CodeMedicine 1777 0 09:43 孟德尔随机化法,MR可视化实操,异质性检验,多效性检验 解螺旋官方频道 4698 0 ...
其输出结果如下: 通过上述比较我们不难发现,两个结果是有差异的,其中第一个是MR-Egger方法计算出来的结果,第二个就是普通的线性回归。从数学上来看,MR-Egger在进行回归分析前把位于二、三象限的点通过中心(原点)对称的方式分别转化到四、一象限了(二象限对称到四象限,三象限对称到一象限),经过这么转换后SNP对exp...
最稳健结果: 所有mr分析pval<0.05,且beta的方向一致(正负方向) 没有异质性 egger intercept和mrpresso都没有水平多效性 稍微差一点的结果: 主要查看ivw的值,pval<0.05,其他结果方向相同,pval>0.05 可以有异质性,但是不能有水平多效性 水平多效性可以从egger intercep...
(1)在没有异质性和多效性的情况下,优先使用IVW的估计结果; (2)只有异质性,没有多效性时,优先使用Weighted Median方法的结果(也可以使用IVW的随机效应模型); (3)有多效性时,优先使用MR-Egger方法计算出的结果。 最后提醒一下,SNP数目多的时候统计效力足,但是异质性和多效性可能会比较大,如果去除部分SNP后...
MR-Egger 由三部分组成: (1) 水平多效性检验, (2) 因果效应检验,以及 (3) 因果效应估计。虽然孟德尔随机化的传统分析方法假设所有遗传变异都满足工具变量假设,但 MR-Egger 方法能够评估遗传变异是否对平均不同于零的结果具有多效性(水平多效性),以及在较弱的InSIDE假设下,提供对因果影响的一致估计。
解读 Mr-Egger 结果中的关键指标。注意 Mr-Egger 方法的假设和局限性。明确加权中位数计算中权重的设定规则。收集用于加权中位数计算的数据。 按照特定公式计算加权中位数。分析加权中位数结果的含义。对比加权中位数与普通中位数的差异。考虑数据分布对加权中位数的影响。掌握调整加权中位数计算的方法。研究不同...