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IVW是最早使用的方法,也是最常用的,它需要SNP完全符合MR研究三原则才能得到正确的因果估计;MR-Egger多加了截距项,其主要目的是判断水平多效性的有无;Weighted Median是利用大部分SNP(majority of genetic variants)来判断因果关系的有无。 接下来是重点部分: 首先推荐使用“MR-PRESSO”包(后面我会简单介绍它的使用...
红豆椰奶iii创建的收藏夹MR结果分析图内容:孟德尔随机化—MR结果分析,逆方差加权法,Egger法,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
通过上述比较我们不难发现,两个结果是有差异的,其中第一个是MR-Egger方法计算出来的结果,第二个就是普通的线性回归。从数学上来看,MR-Egger在进行回归分析前把位于二、三象限的点通过中心(原点)对称的方式分别转化到四、一象限了(二象限对称到四象限,三象限对称到一象限),经过这么转换后SNP对exposure的效应方向也...
05 具体的mr分析结果 06 mr分析结果,计算出or值和对应置信区间 07 heterogeneity 异质性检查Q Test,要求pval>0.05,代表没有异质性(主要看ivw) 07.1 异质性i2值,代表异质性的占比,一般不要超过25% 08 水平多效性检测 egger intercept, 要求pval>0.05,代表没有水平...
proxies = FALSE: 表示不使用代理 SNP（proxy SNP）来代替给定的 SNP，即只提取指定的 SNP 的结果（...
MR-Egger 由三部分组成: (1) 水平多效性检验, (2) 因果效应检验,以及 (3) 因果效应估计。虽然孟德尔随机化的传统分析方法假设所有遗传变异都满足工具变量假设,但 MR-Egger 方法能够评估遗传变异是否对平均不同于零的结果具有多效性(水平多效性),以及在较弱的InSIDE假设下,提供对因果影响的一致估计。
MR-Egger法 MR-PRESSO法 (其中IVW为金标准,其余方法仅做补充) ②敏感性分析 水平多效性(1种):MR-Egger法 异质性(3种): Cochran Q 检验 留一法(leave-1-SNP-out) 漏斗图 ③使用的R包 TwoSampleMR MR-PRESSO 第六步 结果呈现 由于图片过大,以下仅截取主要阳性结果,感兴趣的小伙伴不妨去欣赏原文。
进行了异质性检验和敏感性分析,以确保结果的稳健性。Cochran Q检验,其次是MR-Egger和MR-多效性残差和异常值,用于评估水平多效性。应用“留一”敏感性分析再次进行MR,来识别可能影响的 SNP。此外,采用Steiger-MR方法检验SNPs是否暴露的方差比结果多,这可能表明反向因果关系。