MR Egger 回归中的截距是反应水平多效性的一个有效指标,可以通过mr_pleiotropy_test计算 mr_pleiotropy_test(dat) #> id.exposure id.outcome outcome #> 1 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7 #> exposure egger_intercept se pval #> 1 Body mass index || id:ieu-a-2 -0.0...
其主要输出结果如下(注意mr_egger_regression是TwoSampleMR包里的函数): # 直接回归(包含截距项,但没有flip的过程) summary(lm(beta.outcome ~ 1 +beta.exposure, weights = 1/se.outcome^2, data = data)) 其输出结果如下: 通过上述比较我们不难发现,两个结果是有差异的,其中第一个是MR-Egger方法计算出...
复制 id.exposure id.outcome outcome1ieu-a-2ieu-a-7Coronary heart disease||id:ieu-a-7exposure egger_intercept se pval1Body mass index||id:ieu-a-2-0.0017193040.0039859620.6674266 MR Egger 回归中的截距项是 MR 分析结果是否受定向水平多效性影响的有用指标。 单SNP 分析 要利用每个 SNPs 单独获得 ...
MR-Egger弱化了传统孟德尔随机化方法对工具变量排他性假设:工具变量与结局无关,且仅通过暴露因素影响结局。MR-Egger仅需满足工具变量与结局的直接效应独立于工具变量与暴露因素的关联效应(instrument strength independent of direct effect,InSIDE)假设。当InSIDE假设满足时,MR-Egger可得到因果效应的一致性估计值,其截距项...
因此,MR-Egger截距检验的目的就是检测这个重要的参数。通过MR-Egger截距检验,我们可以更准确地评估基因与表型之间的因果关系,从而避免水平多效性的干扰。这种方法在医学生和科研中具有重要意义,帮助我们更准确地理解基因与疾病之间的关系。0 0 发表评论 发表 ...
进行敏感性分析以检测是否违反了MR假设:留一法评估汇总效应值是否因任何高影响点而存在偏差;Cochran Q检验以评估异质性;MR-Egger回归的截距项用于检测水平多效性。结果确定了两个重要的关联,遗传预测较高的Sellimonas属丰度与ER + BC的风险增加显着相关;遗传预测的更高丰度的Alpha变形杆菌类与PC风险降低有因果关系...
进行Cochran's Q检验以测试IV内的异质性,并检测任何类型的多效性,平衡或不平衡(异质性p<0.05)。为了处理不平衡的多效性,应用了MR-Egger回归。MR-Egger 提供可靠的因果估计,即使所有 IV 都无效,并指示截距 <0.05 时在p处存在不平...
结果可视化 (1)散点图 (2)森林图 (3)漏斗图 概念理解 (1)MR-Egger 回归模型的截距项非 0 ( P < 0.05) 表示不存在基因多效性[13-14]。 应用Cochran's Q 检验判断 SNP 的异质性[19]; 若存在异质性, 则关注 IVW 模型结果
还评估了水平多效性,使用 Cochrane's Q 检验评估了异质性,使用留一分析检测 SNP 异常值。结果显示IVW检验和MR-Egger回归的Q统计量均未显示显著异质性。MR-Egger 截距的 P 值介于 0.062 和 0.933 之间,表明水平多效性最小。其他敏感性分析的结果也显示出一定的稳定性。(图4)...
MR-Egger回归流程包括以下三点: (1)使用所有SNP的效应估计进行回归分析 (2)通过回归得到校正的因果效应估计 (3)MR-Egger还提供了一个截距项,可以用来检测和校正某些偏倚。MR-Egger的截距项egger_intercept和0进行统计检验,没有统计学差异,也就是P value> 0.05,可以认为没有水平多效性的存在。