knownResults/ directory: 对应knownResults.html 中结果 homerResults.html输出示例 输出结果按照p-value排序,最后一列是一个链接到motif文件的超链接,可以从这个文件中找到包含此motif的其他序列。倒数第二列Best Match/Details 为与de novo motif最匹配的已知motif。Simiar motifs 可链接到与该motif相似的其他motif。
Plant TF Binding Motif Shift 我们手上只有一个物种的所有蛋白序列(每个基因一个代表性转录本对应的蛋白序列),首先第一件事是确定哪些基因是TF,同时能初步获得这些 TF 的 Binding Motifs。实现逻辑上,使用 TBtools 之前的 Best ID Convert 功能,映射拟南芥的 TF ,最后提取拟南芥对应 TF 的 Binding Motifs (从 Pl...
转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对。 换个思路,如果做富集分析,那就稳了,给定一个指定的区域(promoter...
转录因子和靶基因结合motif的打分预测软件是由上海烈冰生物医药科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1788213,属于分类,想要查询更多关于转录因子和靶基因结合motif的打分预测软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
(Plantcare顺式作用元件预测结果示例) (NEW PLACE顺式作用元件预测结果示例) 温馨提示:由于不同建库材料基因表达的时空特异性差异,以及转录因子在总转录水平中的占比较低(约3-5%),推荐所研究的诱饵与建库取材的表达谱相匹配,更有助于通过单杂交技术筛选上游调控因子。
基于转录因子的 Binding Motif 检索基因集合启动子区域是否存在 Binding Sites 逻辑上,我们可以通过这类相互调控关系,构建一个初步的基因间转录调控网络,结合差异表达或者共表达网络分析,或许能让我们得到更多信息。至于操作,使用 TBtools 分析来做则确实简单。
【姐妹篇,更新:转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME】 转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来...
确认基因集合中的转录因子,TF 基于转录因子的 Binding Motif 检索基因集合启动子区域是否存在 Binding Sites 逻辑上,我们可以通过这类相互调控关系,构建一个初步的基因间转录调控网络,结合差异表达或者共表达网络分析,或许能让我们得到更多信息。 至于操作,使用 TBtools 分析来做则确实简单。
基于转录因子的 Binding Motif 检索基因集合启动子区域是否存在 Binding Sites 逻辑上,我们可以通过这类相互调控关系,构建一个初步的基因间转录调控网络,结合差异表达或者共表达网络分析,或许能让我们得到更多信息。至于操作,使用 TBtools 分析来做则确实简单。
启动子motif分析:需下载启动子数据包 基因组motif分析:需下载基因组数据包 使用已知序列(fasta文件)进行motif分析 ChIP分析等 HOMER软件安装 个人感觉,建议以官方文档为基础,勿过度依赖conda!!! 仔细阅读报错信息 + 善用百度/Google可以解决绝大部分问题。