回归分析中可以通过expression_family选择不同的基因表达分布,以下为Monocle 3教程给出的各种分布的性能及适用条件: Part 2 图形自相关分析 图形自相关分析主要用来寻找未分群的亚群marker和细胞轨迹相关的基因。 前者已经介绍过了,官方教程中换了一套数据集又做了一遍,cds对象生成过程就不抄了,梳理一下关键代码。 # ...
三种Monocle3安装教程 1. 官方教程 按照官方教程安装会出现一堆bug(包括版本依赖,底层库的缺失,C++源码语法与编译器的不兼容兼容,以及编译器编译过程中的不确定错误),建议在尝试一天之后及时停止源码安装。 1.1 安装Bioconductor if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocMana...
刚刚更新完monocle2的视频教程((视频教程): Monocle2安装包测试、分析流程及可视化修饰),那么monocle3也不能落下,毕竟不能厚此薄彼,有小伙伴也是有需求。所以我们紧接着制作了这部分内容。主要做了两个事情,第一是对流程进行了讲解,第二是写了两个函数,一个是分析函数,一个是热图可视化函数,主要的目的还是为了...
在去年7月的时候我们拟时序的教程就把monocle2、3部分都介绍完了,当时Biomamba就表示发表的文献还都是以monocle2为主流,没想到目前我读过的文章依旧是以monocle2为主,去除那些我刻意检索monocle3的文章,我至今…
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2. Monocle3的使用教程,你可以提供一些关于如何使用Monocle3的教程和指南,包括安装、配置环境和进行基本的图像处理任务的步骤。 3. Monocle3在实际项目中的应用案例,你可以分享一些Monocle3在实际项目中的应用案例,包括图像分类、目标检测和语义分割等任务,以及使用Monocle3解决的具体问题和取得的成果。 4. Monocle3的...
未来桓峰基因公众号将不间断的推出单细胞系列生信分析教程, 敬请期待!! 有想进生信交流群的老师可以扫最后一个二维码加微信,备注“单位+姓名+目的”,有些想发广告的就免打扰吧,还得费力气把你踢出去! References: G. X. Y. Zheng, et al, Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells...
monocle不是通过实验将细胞纯化成离散状态而是使用一种算法来学习每个细胞必须经历的基因表达变化序列作为动态生物学过程的一部分 Monocle3使用Seurat对象分析 关于拟时分析的一些基本知识请参看以下两篇及其参考文章: scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程
这种的是monocle2版本出来的结果，我们用的是monocle3的分析的；所以没有这个图
这一步的难点是安装,装了好久才把这个velocyto装上,就是根据官方的教程用miniconda装的,后面有个一直装不上的原因是什么lib库里少了一个libz.oo啥文件,想不起来,大致是这个意思,你只需要去别的地方copy一个过来就行,然后就是确定一下,你的路径下有没有 ...