For the case of calling SanitizeMol after MolFromSmiles you can force rdkit to calculate the correct InChI key by calling AllChem.AssignStereochemistry(m1, cleanIt=True, force=True) before calculating the key. This behavior was unexpected since it would seem that sanitize=True should be equivalen...
This section provides a tutorial example on how to use rdkit.Chem.rdmolfiles.MolFromSmiles(s) and rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToSmiles(m) methods to handle molecules expressed in SMILES strings.
>>> rdMolDraw2D.PrepareAndDrawMolecule(d,mol) >>> d.WriteDrawingText("./images/atom_labels_1.png") 得到: 由于atomLabel 属性也用于其他用途(例如在演示的 CXSMILES 中),如果要提供自己的原子标签,最好使用 _displayLabel 属性: >>> smi = 'c1nc(*)ccc1* |$;;;R1;;;R2$|' >>> mol = ...
The mol produced is correctly depicted in Jupyter, including dotted aromatic bonds, if SVG is used. Thus, in summary, RDKit can create the mol from some particular valid SMILES, but it cannot parse its own canonicalized SMILES to create a mol. ...
为了提取摩根指纹，使用rdkit库将分子的SMILES表示转换为rdkit对象。随后应用Dice相似度，来衡量输入分子和本地数据库中的分子之间的相似度，如图3所示。在数学上，可以表示为：其中，A和B是两个分子的摩根指纹。|A|和|B|表示A和B的基数（例如，子结构数量）。|A ∩ B|表示A和B共有的子结构的数量。Dice相似...
order = eval(mol.GetProp("_smilesAtomOutputOrder")) smi = writePropsToSmiles(mol,smi,order)returnsmi 开发者ID:rdkit,项目名称:CheTo,代码行数:22,代码来源:utilsFP.py 示例2: get_clique_mol 点赞5▼ # 需要导入模块: from rdkit import Chem [as 别名]# 或者: from rdkit.Chem importMolFragme...
为了提取摩根指纹,使用rdkit库将分子的SMILES表示转换为rdkit对象。随后应用Dice相似度,来衡量输入分子和本地数据库中的分子之间的相似度,如图3所示。在数学上,可以表示为: 其中,A和B是两个分子的摩根指纹。|A|和|B|表示A和B的基数(例如,子结构数量)。|A ∩ B|表示A和B共有的子结构的数量。Dice相似性的...
Chem.MolFromMolBlock可用于对rdkit自身的mol格式或sdf格式块的读取;对于Mol2格式文件,使用Chem.MolFromMol2Block;对于PDB格式,使用Chem.MolFromPDBBlock。
RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB)。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持;化学转化;化学反应;分子序列化;相似性/多样性选择;二维药效团;分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架;逆合成组合分析程序(REC...
> RDKit frowns on me trying to do that. > >>> from rdkit import Chem >>> mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1") >>> emol = Chem.EditableMol(Chem.Mol()) >>> bond = list(mol.GetBonds())[0] >>> atoms = [bond.GetBeginAtom(), bond.GetEndAtom()] >>> a1...