DNase-seq 已经被广泛应用在各个物种中,可靠性得到了很好的验证。 定向切割开放区域内的DHS位点,而不会切割受保护的区域,可以通过DNase-seq 推测核小体可能的位置,和染色质开放性的变化。 DNase-seq需要数以百万计的细胞作为样品,现在已经开发了单细胞的DNase-seq,但无法区分致密的染色质区域和测序过程中丢失的情况...
通过分析不同长度的DNA片段,scMNase-seq可以同时检测全基因组核小体定位和染色质开放性。 单细胞 MNase 测序技术是赵可吉实验室早期开发的常规MNase测序的进一步创新,该方法的操作流程借鉴了赵可吉实验室2015年开发单细胞 DNase 测序(scDNAse-seq)(Jin et al., 2015)。分析了大量NIH3T3、小鼠naive CD4+ T细胞、胚胎...
MNase-seq的流程主要包括以下几个步骤: 1.材料的准备和交联:包括选择起始材料,如真核生物体的组织或细胞群。 2.染色质的提取和片段化:使用MNase处理染色质,MNase同时具备核酸外切酶和内切酶活性,将裸露的DNA全部切割掉,直到遇到核小体或DNA结合蛋白等阻遏物保护。 3.染色质免疫共沉淀:通过染色质免疫共沉淀技术,将...
<80bp 的DNA 片段是亚核小体结构,被认为来自染色质开放区或活化的核小体亚结构。通过分析不同长度的DNA片段,scMNase-seq可以同时检测全基因组核小体定位和染色质开放性。 单细胞 MNase 测序技术是赵可吉实验室早期开发的常规MNase测序的进一...
1 MNase-seq技术原理及其发展 1.1 MNase-seq技术原理 利用微球菌核酸酶切割染色质纤维,回收DNA并配合下一代测序技术来绘制核小体定位图谱,称作MNase-seq。尽管MNase-seq在近10年来才得以飞速发展,但早在20世纪70年代,研究人员就开始利用MNase消化染色质并研究其结构[4,5]。MNase来源于金黄色葡萄球菌(Staphylococcus ...
近日,美国国立卫生研究院赵可吉课题组在Nature上发表了题为“Principles of nucleosome organization revealed by single-cell micrococcal nuclease sequencing”的论文。在这个研究中,他们开发了单细胞 MNase 测序技术(scMNase-seq)。 scMNase-seq酶解下来的DNA片段长度差异很大,其中140bp-180bp的 DNA片段被认为来自标准核...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。 DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究开放染色质区域。 DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域,而ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; ...
核小体是染色质复杂三维结构的基本单位,它在基因组上的定位及占位在DNA转录,复制和修复等基础生物过程中发挥重要功能.在众多核小体定占位研究技术中,微球菌核酸酶测序(micrococcal nuclease sequencing, MNase-seq)被认为是目前最为高效的方法,因此应用十分广泛.研究人员利用该技术绘制了多种生物的核小体图谱,并揭示了...
52023-09-21动物ATAC-seq数据的peak分类软件-2023SR1126883V1.0 1 2 3 4 5 6 > 该软件著作权人信息 上海京房 上海京房生物科技有限公司 成立日期:2016-02-06 法定代表人:郭子文 统一社会信用代码:91310112MA1GB5GA0E 天眼查著作权查询频道,数据来源于上海京房生物科技有限公司合法公开的著作权数据,仅供参考。
ChIP-seq技术简介 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。