目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性。 ChIP-seq、MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq技术概览 MNase-seq微球...
这种测序方法和DNase-seq原理类似,探测区域互补。MNase-seq使用的酶是限制性外切酶,将不受保护的区域统统切除,只余下核小体上缠绕的DNA序列。 该测序方法的特点: MNase-seq 同样被广泛应用到了很多物种中。 结合其他方法,MNase-seq可以探测和核小体相关的调控因子,比如ChIP-seq。 单细胞的MNase-seq还没有被开发出...
具体如下: 首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,找到TF的潜在靶基因。通... 查看原文 小鼠植入前胚胎的可接近染色质图谱 开放染色质的allelic图谱TheUCSC browser view shows allelicATAC-seq...
目前,以MNase-seq技术为基础,发展出了一系列衍生技术(图1),例如(1) MNase-ChIP-seq[16],被用于对特定调控因子、组蛋白修饰或变体的检测;(2) MNase-Exo-seq,在酶切体系中加入核酸外切酶Ⅲ来弥补MNase的外切酶活性,从而更高程度地切割到核小体核心区域(core particle),以获得更精准的核小体定位[17];(3) MAC...
赵可吉研究员的实验室主要研究方向是免疫细胞发育和记忆的表观遗传调控机制,他在免疫细胞表观遗传调控方面做出了众多国际领先水平的杰出研究成就,他们率先建立了基于新一代基因测序的表观遗传实验技术,包括ChIP-Seq、ChIP-SAGE、MNase-Seq、scDNas...
赵可吉研究员的实验室主要研究方向是免疫细胞发育和记忆的表观遗传调控机制,他在免疫细胞表观遗传调控方面做出了众多国际领先水平的杰出研究成就,他们率先建立了基于新一代基因测序的表观遗传实验技术,包括ChIP-Seq、ChIP-SAGE、MNase-Seq、scDNase-Seq、scMNase、Trac-looping 以及开发了高通量的生物信息分析方法。因其...
deepTools is a suite of python tools particularly developed for the efficient analysis of high-throughput sequencing data, such as ChIP-seq, RNA-seq or MNase-seq. Compute normalization factors for each sample using edgeR I follow the strategy on this page to compute the normalization factors for...
As a result, CUT&RUN requires only 1/10th the sequencing depth that is required for ChIP-seq assays (1,2). Finally, the inclusion of simple spike-in control DNA allows for accurate quantification and normalization of target-protein binding that is not possible with the ChIP method. This ...
This package computes informative enrichment and quality measures for ChIP-seq/DNase-seq/FAIRE-seq/MNase-seq data. It can also be used to obtain robust estimates of the predominant fragment length or characteristic tag shift values in these assays. - kun
赵可吉研究员的实验室主要研究方向是免疫细胞发育和记忆的表观遗传调控机制,他在免疫细胞表观遗传调控方面做出了众多国际领先水平的杰出研究成就,他们率先建立了基于新一代基因测序的表观遗传实验技术,包括ChIP-Seq、ChIP-SAGE、MNase-Seq、scDNase-Seq、scMNase、Trac-looping 以及开发了高通量的生物信息分析方法。因其...