MMGBSA以及分解自由能计算 结果处理 加氢 (1) 获取蛋白蛋白对接后的复合物结果文件或从RCSB蛋白晶体结构数据库下载蛋白蛋白复合物结构文件。 (2) 将蛋白蛋白复合物在H++网站上进行加氢处理,并对体系中的组氨酸进行修改。 蛋白单体拆分 将蛋白蛋白复合物拆分成两个蛋白文件 protein_a.pdb 和 protein_b.pdb。 tleap...
MMGBSA dG Bind = Complex - Receptor - Ligand MMGBSA dG Bind(NS)=复合物 - 受体(来自优化的复合物) - 配体(来自优化的复合物)= MMGBSA dG Bind - Rec Strain - Lig Strain 在上面的最后一个能量中,“NS”意味着“没有应变”; 它是结合/相互作用的能量而不考虑形成复合物所需的受体和配体构象变化。...
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计算结合自由能的方法有很多,例如,热力学积分(Thermodynamic Integration,TI)、自由能微扰(Free Energy Perturbation,FEP)、MM/PB(GB)SA、线性相互作用能(Linear Interaction Energy,LIE)。MM/PB(GB)SA方法是精度和速度折衷的方法,广泛应用于受体-配体结合自由能计算。该方法全称 分子力学/泊松-波尔兹曼(广义...
MM/PBSA 和MM/GBSA 对蛋白-配体自由能计算精度的评估研究 侯廷军 * , 李有勇 苏州大学功能纳米与软物质研究院,苏州大学,苏州,215123 *Email: tjhou@suda.edu 基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注,其中MM/PBSA和 MM/GBSA 就是其中最具代表性的方法。MM/PBSA和MM/GBSA方法基于...
各位老师好,我使用mmgbsa来分析每个结合残基在配体与蛋白质结合中的重要性。我对其中一些结果的理解有些...
为大家介绍利用Amber完成蛋白-小分子体系的动力学模拟,以及利用MMGBSA计算小分子与蛋白质(Abl和伊马替尼)之间的结合自由能。 本文使用北鲲云超算平台完成计算。看完本文对平台感兴趣的朋友可以在文末找到领券链接。 01 结构处理 建议现在自己电脑上安装一个UCSF Chimera小程序,用于处理分子模拟所需的结构文件。该软件学...
( qsub -v mmgbsa_path=$mmgbsa_path -v queueing_system=$queueing_system $res_req -q $queue_name -t 1-$n_jobs -tc $max_jobs_running_simultaneously $parallel_scripts/mmgbsa_master_submit.sh $traj $start_frame $frame_stride $frames_per_job ) # The -v option to qsub pushes the ...
当前浏览器版本较低,为保证您的使用体验,建议使用最新版本的浏览器访问。 4030 02:07:56 mmgbsa 小菜菜白98· 2022-11-19 61436 01:03:00 2022薛定谔中文网络培训系列 二、 基于结构的虚拟筛选 我肛肛好· 2022-5-25 4363 01:02:16 《GBKCTT杭州见面会》六人合唱+双人合唱+游戏互动 ...
我计算蛋白-蛋白结合自由能,在最后mmgbsa的运行过程中提示如下错误:”PrmtopError: Couldn't predict ...