本文采用 pdb2gmx 工具以 CHARMM36 力场处理蛋白部分,而配体部分则借助 SwissParam 生成基于 MMFF94 力场的参数。这种结合策略不仅能够有效处理小分子的多样性,还能保持与蛋白力场的良好兼容性,从而实现更加精确的模拟结果。通过该流程,研究人员能够高效地探索小分子在靶蛋白中的结合模式及其潜在优化方向,为药物开发和精...
其中聚合物的拓扑结构与原子电荷由sobtop并调用MMFF94力场快速生成，CO2用的EPM2模型 ...