细菌MLST聚类分析方法 MLST聚类分析操作步骤 1
MLST分析方法:针对管家基因设计引物对其进行PCR扩增和测序,得出每个菌株各个位点的等位基因数值,然后进行等位基因图谱(allelic profile)或序列类型(sequence types, STs)鉴定,再根据等位基因图谱使用配对差异矩阵(matrix pair-wise differences)等方法构建系统树图进行聚类分析。实际运用中,对于已有的成熟MLST方案的细菌,可直...
Environmental isolates that share an indistinguishable MLST profile with clinical isolates are less virulent in mice.Deborah, J. Springer
9 Profile: 显示刚才录入的数据。此步可以选择按照profile或ST型排列数据,也可以不操作。 10 Analysis:做分组分析。这一步是种群结构分析,各参数和结果解释请参考其他资料。 此处有两个可调参数,可查看 软件说明书和文献明确其意义。 11 Diagram:作图。 •此步可选参数是要对上 一步分组里的第几个 group作图?
https://online./data/profileData.tab 每一行为一株菌的信息,每一列为一个基因位点。数字代表其型别。 FILE T308_05745 T308_01980 pbp1A pepN spr1868 MYY_1559 SPNOXC_18220 SPCG_0300 folC SP_0994 T308_07955 proS SP_1378 glmU pfkA SPH_0698 gltX SPP_1577 SPH_2221 SPH_0011 mraW ABC-MSP ...
MLST分析方法:MLST技术针对看家基因设计引物对其进行PCR扩增和测序,得出每个菌株各个位点的等位基因数值,然后进行等位基因图谱(allelic profile)或序列类型(sequence types,STs)鉴定,再根据等位基因图谱使用配对差异矩阵(matrix pair-wise differences)等方法构建系统树图进行聚类分析。 MLST分析方案设计要素:(1)选择经过初步...
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通过比较ST值可以发现菌株的差异性MLST分析方法:MLST技术针对看家基因设计引物对其进行PCR扩增和测序,得出每个菌株各个位点的等位基因数值,然后进行等位基因图谱(allelic profile)或序列类型(sequence types,STs)鉴定,再根据等位基因图谱使用配对差异矩阵(matrix pair-wise differences)等方法构建系统树图进行聚类分析。MLST...
MLST分析⽅法：MLST技术针对看家基因设计引物对其进⾏PCR扩增和测序，得出每个菌株各个位点的等位基因数值，然后进⾏等位基因图谱(allelic profile)或序列类型(sequence types，STs)鉴定，再根据等位基因图谱使⽤配对差异矩阵(matrix pair-wise differences)等⽅法构建系统树图进⾏聚类分析。MLST分析⽅案设计要素...
As shown below, unique allele numbers are assigned to each observed variant of one of the genes in the MLST profile to measure DNA sequence variations. When the sequence is different, a new allele number is assigned. The assigned allele numbers are combined into an allelic profile that is ...