PubMLST和BIGSdb-Pasteur网站可以提交新等位基因或申请新序列分型(ST)。两者的差异主要在于它们包含的数据库不同,因此它们可以提交的物种也不同。但无论如何我们首先需要登录PubMLST或BIGSdb-Pasteur的账户。这里需要注意的是这两个网站虽然在布局、功能和操作方法上都非常相似,但它们需要分别进行账号注册,两者并不是...
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对于数据库中已有相关方案的菌株,直接通过网站获取相应管家基因和引物设计方案[3](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/或http://pubmlst.org/);选择鲍曼不动杆菌 (https://pubmlst.org/abaumannii/info/primers_Pasteur.shtml)。 03 通过PCR扩增目标菌株的各管家基因序列 整理序列为.txt格式,提交网站(https://pub...
进一步分析得知克隆复合体与菌株来源关系密切.系统发育树分析得出CC9与CC155存在较近的进化关系,并且氨基酸序列构建的系统发育树比核苷酸更加准确.由此可见,基于PasteurMLST网站分析的中国单增李斯特菌具有较高的遗传多样性,MLST分型以ST 705为多,克隆复合体以CC155为主,这为进一步研究单增李斯特菌的溯源以及进化关系...
PubMLST与BIGSdb-Pasteur不共用一个账号 上海唯那生物 上海唯那生物科技有限公司,专注于微生物测序、个性化数据分析 PubMLST和BIGSdb-Pasteur网站可以提交新等位基因或申请新序列分型(ST)。两者的差异主要在于它们包含的数据库不同,因此它们可以提交的物种也不同。但无论如何我们首先需要登录PubMLS… ...
https://bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/cgmlst-lincodes/ 图1 K. pneumoniae sensu stricto(Kp1)的系统发育结构(MLST、CG、SL)doi: 10.1093/molbev/msac135 图2 SL、CG和MLST分类的一致性(以ST258为例)doi: 10.1093/molbev/msac135 参考文献 [1]Hennart M, Guglielmini J, Bridel S, et al. A Dual Ba...
Assessing the genetic variation of bacteria has become ever more complex as more sequencing data has become available. Here, Maiden and colleagues propose a gene-by-gene approach of analysing whole-genome data; this approach is based on their experience
摘要：目的采用肠杆菌基因间重复一致序列PCR(ERIC-PCR)技术与多位点序列分型技术(MLST)技术分析耐碳青霉烯类肺炎克菌菌株的基因分型，为临床用制提供依据。方法采用VITEK-2细菌分析仪检测30株青霉烯类肺炎克菌菌株对、氨等16种抗菌药的耐药性。提取30株菌株的基 组DNA,制备菌株基因组模板，扩增碳青霉烯酶基因(KPC...
Olivier Lortholary - olivier.lortholary@wanadoo.fr; Olivier Clermont - olivier.clermont@bichat.inserm.fr; Erick Denamur - Erick.Denamur@bichat.inserm.fr; Bertrand Picard - bertrand.picard@avc.aphp.fr; Xavier Nassif - nassif@necker.fr; Sylvain Brisse* - sylvain.brisse@pasteur.fr * Correspondi...
对于数据库中已有相关方案的菌株,直接通过网站获取相应管家基因和引物设计方案[3](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/或http://pubmlst.org/);选择鲍曼不动杆菌 (https://pubmlst.org/abaumannii/info/primers_Pasteur.shtml)。 03 通过PCR扩增目标菌株的各管家基因序列 ...