具体操作如下。 1 输入数据 2 结果展示 本次我选用misa格式文件,其格式如下所示 ID SSR nr. SSR type SSR size start end Sd1p1(A)111115491559Sd2p5(ATTTA)31543234337Sd3p1(A)101060206029 每一列 基因组ID SSR编号 SSR类型,p1,就是重复单元长度为1 SSR 大小 起始 终止...
MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。 SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。 简单重复顾名思义就是以很短的序列为...
primer3_core --default_version=1 -- output=chr5D_part2_ssr.fa.p3out chr5D_part2_ssr.fa.p3in #primer3 引物结果输出文件整理 perl p3_out.pl CS_2B_0M-80M_ssr.fa.p3out CS_2B_0M-80M_ssr.fa.misa 3. e-PCR #提取输出文件中的第一对引物作为e-PCR的输入文件 cat chr5D_part2_ssr.fa...
利用MISA工具对不同类型序列进行SSR标记位点挖掘的探讨
虽然前段时间看到PLoB上已经有一篇文章《利用MISA鉴定简单重复序列(SSR)》来介绍MISA脚本的使用,今天在陈连福的博客上发现也有一篇介绍MISA的文章,所以转载过来,与大家一起分享。 MISA是使用 perl 编写的一支程序,能识别出序列中的微卫星和复合微卫星(两个微卫星之间由由不多于100bp的碱基对隔开),并给出其所在位点。
(SSR), consistent en de courts motifs répétés en tandem (par exemple, de2 à 6 paires de bases). Le fichier*.MISAcontient des informations sur l'emplacement, letypeet d'autres caractéristiques des microsatellites identifiés dans les données d'entrée de la séquence d'ADN. Les ...
Galaxy Wrappers and helpers for the MISA ttols. Contribute to cfljam/SSR_marker_design development by creating an account on GitHub.
MISA,英文全称为MIcroSAtellite identification tool,即微卫星识别工具。虽然前段时间看到PLoB上已经有一篇文章《利用MISA鉴定简单重复序列(SSR)》来介绍MISA脚本的使用,今天在陈连福的博客上发现也有一篇介绍MISA的文章,所以转载过来,与大家一起分享。 MISA是使用 perl 编写的一支程序,能识别出序列中的微卫星和复合微卫星(...
print OUT "SEQUENCE_ID=$id"."_$ssr_nr\nSEQUENCE_TEMPLATE=$seq\n"; 调用p3_in.pl perl p3_in.plZea_mays.AGPv4.dna.chromosome.1_ssr.fa.misa#然后使用primer3进行设计引物~/software/primer3-2.4.0/src/primer3_core--default_version=1--output=Zea_mays.AGPv4.dna.chromosome.1_ssr.fa.p3out...