mirwalk数据库使用方法mirwalk数据库使用方法 访问mirwalk数据库前,需确认网络环境稳定,推荐使用Chrome或Firefox浏览器。数据库官网地址为www.mirwalk.umm.uni-heidelberg.de,进入后点击右上角“Login”注册新账户,学术机构用户可申请教育邮箱认证获得高级权限。首次登录建议阅读导航栏“Tutorial”栏目的视频教程,特别注意...
miRWalk:microRNA综合数据库 miRWalk数据库是一个集miRNA查询、miRNA靶基因及pathway查询于一体的在线、免费数据库。包括人、大鼠、小鼠、狗、牛和鱼6物种。 l miRNA查询 首先选择要查询物种,然后输入miRNA名称(注意名称中使用“-”而非下划线),可以获取miRNA序列及靶基因列表...
miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库,收录了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,和mirDIP类似,也是一个整合型数据库,整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息,网址如下 http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ 该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息 human mouse rat dog cow 官网提...
mirwalk3.0版本引入的score加权算法,相比2.0版本的简单计数法,更强调算法在不同细胞环境中的预测效能。但超过60%的用户调查显示,研究者并未注意这次重大算法升级,导致跨版本数据比较出现严重偏差。建议在方法学章节明确标注查询时使用的数据库版本号,如同注明抗体货号般严格。 在经费有限的情况下,如何最大化利用score值...
miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。 miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用,可以极大地帮助研究者对miRNA进行研究。miRWalk2.0不仅记录了基因完整序列中的miRNA结合位点,还可以将这些信息与12个现有miRNA-mRNA相互作用数据库:DIANA-microTv4.0,DIANA-microT-CDS, miRanda-rel2010,mirBridge,...
Graph是网络分析,比如说小果这里把分值设置成1,后面三个数据库全部选上,然后画成网络图 下面还有GSEA富集分析 可以选择GO和KEGG富集分析,当然,也可以把结果导出。 这就是miRWalk数据库的主要使用方法了,是不是看上去还挺简单的,小伙伴们有需要的话就快去试一试吧!
其实是有的,那就是数据库miRWalk 先上链接 129.206.7.150/ 界面简洁易懂,可以按基因预测miRNA,也可以按miRNA预测靶基因,小云这里需要miRNA预测靶基因,就在后面miRNA的搜索框里进行搜索。 搜索结果里就可以看到后面综合了两个数据库的结果,有link就表示在这个数据库里也有对应的结果。 我们可以把结果下载下来进行筛选...
miRWalk2.0数据库介绍 miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用,可以极大地帮助研究者对miRNA进行研究。miRWalk2.0不仅记录了基因完整序列中的miRNA结合位点,还可以将这些信息与12个现有miRNA-...
miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。 miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用,可以极大地帮助研究者对miRNA进行研究。miRWalk2.0不仅记录了基因完整序列中的miRNA结合位点,还可以将这些信息与12个现有miRNA-mRNA相互作用数据库:DIANA-microTv4.0,DIANA-microT-CDS, miRanda-rel2010,mirBridge,...
使用miRWalk2.0数据库，研究者可以通过输入基因名、EntrezID、EnsemblID或RefseqID来预测miRNA-mRNA相互作用关系。支持预测靶位点在5UTR、CDS、3UTR，通常在3UTR区域，因此建议下载3UTR数据。下载后，用户可以查看数据库本身算法的预测结果以及来自其他12个miRNA-mRNA相互作用预测数据库的结果。在预测miRNA时...