本文通过研究作者改良的BS-miRNA-seq技术和MAmBA分析流程获得了人类microRNA上(h)m5C修饰的高分辨率图谱，发现该修饰在人miRNA上广泛分布且不仅限于CpG序列，并通过免疫沉淀实验进一步证实，m5C与hm5C修饰均存在于人类miRNA上。
但在DNA免疫沉淀中使用的5mC抗体在RNA环境中很难结合m5C,文章作者使用了最新开发的32E2单克隆抗体m5C IP用于富集带有m5C的miRNA,另外由于缺乏RNA中专门针对hm5C的抗体,作者采用了在DNA环境中识别5hmC的抗体用于富集带有hm5C的miRNA。 根据BS-miRNA-seq结果,阴性对照设置为未含有甲基化的miRNA(hsa-miR-21-5p)和序列...
技术平台:BS-miRNA-seq、MAmBA 1、研究目的: 由于存在大量小片段RNA,在一般的BS-RNA-seq数据集中,映射到miRNA的reads极其少量,因此无法全面分析miRNAs中的甲基化修饰。在Cheray等人研究文章里的RNA数据集中,映射到miRNAs的reads百分比也只有大约0.25%。因此,作者开发了一种基于亚硫酸盐处理的高通量NGS策略,以单核苷酸分...
These results indicate that miRNA expression may be controlled by a binary effect on expression of its targets: when miRNA expression is high, target gene expression is low; and when miRNA expression is low, expression of the target genes may be controlled by ...