在该论文中,作者利用RNA-seq和miRNA-seq分析揭示了杨树患病叶片中差异表达的基因以及miRNA。其中,miRNA-seq数据分析显示在短期病叶(SD,有新出现的轻微花叶症状)中共鉴定到84个差异表达的miRNA,在长期病叶(LD,具有典型且显著的花叶症状)中共鉴定到89个差异表达的miRNA。这些差异表达的miRNA中有78个是已知的,它们属于...
Adapters were clipped using the AdRec.jar program from the seqBuster suite with the following options: java -jar AdRec.jar 1 8 0.3. 如果要发现新的miRNA,需要比对到参考基因组。 使用bowtie –f –v 0 –a –m 5 --strata --best; 比对miRNA的FASTA文件到人类参考基因组 删除属于annotations of ...
1 miRNA-Seq环境搭建 参考序列文件 在前一篇我们已经准备好了MIRBASE的miRNA参考序列文件。 mkdir -p ~/refer/miRNA cd ~/refer/miRNA wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/hairpin.fa.gz ## 38589 reads wget https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/mature.fa.gz ## 48885 reads wget https://www...
miR-Deep2 and miReap predict exact precursor sequence according from mature sequence 文章提到了fastq数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考基因组(两条比对线路),获得miRNA表达量,miRNA预测,miRNA靶基因预测。 这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路, 而且作者给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的...
第四, 在得到高质量的clean数据之后就是进行比对,将miRNA的数据比对到相应物种的基因组上,这里我用的是bowtie软件,(bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 Reference/genome.fa trim_data1.fq -S data1.sam 2>mapping.info),我分析的植物miRNA-seq的数据,比对率超过了90%。
文章提到了 fastq 数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考 基因组(两条比对线路),获得 miRNA 表达量,miRNA 预测, miRNA 靶基因预测。 这也是我们学习 miRNA-seq 的数据分析的标准套路, 而且作者 给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的学习来重现他的分 析过程。 • Supplementaryfilesformatandcontent: ...
根据example_miRNA.detail.csv 文件 写一个脚本 提取每个miRNA的reads 数量,进而做差异分析 差异分析 差异分析采用DESeq2, 可看我之前写的miRAN 分析以及mRNA分析 关注下方公众号可获得更多精彩 ref 1、计算已知miRNA当表达量 2、省心省事的植物miRNA分析软件miR-PREFeR,值得拥有 911...
文章通过外泌体miRNA-seq技术(云序提供),通过对测序结果比对分析确认骨靶向修饰和电穿孔等人为操作不会对外泌体内源性miRNA含量及表达量产生影响,提高实验的准确性及可信度。同时GO分析表明外泌体中存在miRNA直接参与骨代谢,KEGG富集分析结果表明,外泌体存在多条信号通路与成骨、血管生成密切相关,且许多成骨有关miRNA...
文章提到了fastq数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考基因组(两条比对线路),获得miRNA表达量,miRNA预测,miRNA靶基因预测。 这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路, 而且作者给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的学习来重现他的分析过程。
文章提到了fastq数据质量控制标准,数据比对工具,比对的参考基因组(两条比对线路),获得miRNA表达量,miRNA预测,miRNA靶基因预测。 这也是我们学习miRNA-seq的数据分析的标准套路, 而且作者给出了所有的分析结果,我们完全可以通过自己的学习来重现他的分析过程。