26,473个unigenes基因划分到9个共表达模块中(MEs)(不属于任何其他ME的基因聚为MEgery)(图3 A),对不同MEs中Unigenes进行KEGG富集分析(图3 B)显示,FA代谢(黄)、鞘脂代谢(黄)、甘油脂代谢(黄)和甘油磷脂代谢(绿松石色)随着感染时间的变化而显著改变(图3 B...
1. DBP处理后Nrf2通路的激活 DBP处理后Nrf2及其下游抗氧化剂(NQO1、HO-1和GCLC) mRNA水平显著上调，Cul3表达升高，而Keap1则无明显变化。随后，我们通过WB检测Nrf2通路的蛋白表达。结果显示,Nrf2的蛋白质含量明显升高,而Cul3的蛋白表达和Keap1持平。此外,免疫组织化学染色结果进一步验证Nrf2通路的激活。为了探讨DBP处...
我们对DBP处理组和对照组的3对睾丸样本进行RNA测序并分析。差异分析结果共发现4957个上调基因和6016个下调基因。剔除不满足条件的基因后,筛选出25个差异表达的DUBs。随后,我们进行RT-qPCR和western blot进一步验证差异表达。最终发现,经DBP处理后,Cyld、USP1、USP15和Tnfaip3等4个DUB的mRNA和蛋白水平均发生变化。 3....
KEGG富集分析中,“代谢”类的通路最多,其中通路最多的是“碳水化合物代谢”类,其次是“脂质代谢”类。 图3 差异miRNA在籽粒不同发育阶段的表达谱 4、miRNA参与核桃油合成途径 构建了16个与核桃油积累和脂肪酸合成相关的miRNA-mRNA调控模块,8个已知的miRNAs和9个新的miRNAs调节28个基因参与脂肪酸代谢和脂质合成。...
派森诺生物与东北农业大学携手合作,于2020年在《Science of the Total Environment》上发表了miRNA-mRNA网络分析揭示鲤鱼脾脏中镉引起的炎症-免疫抑制损伤的机制的研究成果,影响因子6.551。 研究背景 镉(Cd)是一种有毒重金属,是一种常见的环境污染物。工农业活动可造成水体镉污染,甚至可破坏生态系统,危及水生生态系统的...
mRNA、miRNA联合研究肝癌预后经典预后的分析基本都是一个思路筛选差异基因降维各种回归各种模型各种网络结合然后结合预后或者分型 mRNA、miRNA联合研究肝癌预后 弱弱的说下这个杂志貌似现在一步一步的升到了3了。大家投3分左右的杂志,可以考虑这了。 整个文章看起来是比较简单的,思路比较清楚。利用GEO数据库下载了两套...
基于此,本研究利用联合非负矩阵分解算法融合卵巢癌miRNA数据和基因表达数据形成共模块,其次对特征模块中miRNA的靶基因进行预测分析,最后对mi RNA-mRNA共模块进行转录及转录后共调控网络构建。仿真结果及分子生物学分析表明,通过联合矩阵分析方法所提取的共模块显示出了与卵巢癌致病具有显著的生物相关性和潜在的联系,此外,...
mRNA:GSE84006, GSE14323,GSE14811 miRNA:GSE40744,GSE36915 二差异分析Identification of DEGs and DE miRNAs 三、Functional and pathway enrichmentanalysis 四、Construction of PPI network and analysis of modules 五、hub 基因 六、Prediction of miRNA targets and prognosis analysis ...
该研究通过对HCC样品的mRNA-miRNA转录组分析,鉴定了在HCC背景下异常表达的miRNA,并通过离体实验、体外实验、计算机模拟对这些miRNA的肝癌诊断效能进行验证,最终发现外泌体miR-10b-5p+miR-221-3p+miR-223-3p构成的三miRNA组合、或miR-10b-5p+miR-22...
复旦大学上海医学院基础医学院教育部、卫生部医学分子病毒学重点实验室主任袁正宏课题组,联合应用Exiqon miRNA芯片和Agilent表达谱芯片,发现干扰素-a诱导细胞分泌外胞体传递具有抗病毒作用的miRNA和mRNA等活性分子,从而发挥抗病毒活性的新机制。该成果2013年7月7日正式发表于国际权威期刊Nature Immunology,引起世界同行关注。