自学miRNA-seq分析第八讲~miRNA-mRNA表达相关下游分析 通过前面的分析,我们已经量化了ET1刺激前后的细胞的miRNA和mRNA表达水平,也通过成熟的统计学分析分别得到了差异miRNA和mRNA,这时候我们就需要换一个参考文献了,因为前面提到的那篇文章分析的不够细致,我这里选择了浙江大学的一篇TCGA数据挖掘分析文章Identifying miRNA...
结合靶标预测和相关性分析结果，构建一个可能的植物外泌体miRNA与小鼠肠道组织mRNA相互作用的网络。分析网...
在本项研究中,华南农业大学张永亮教授领衔的课题组采用miRNA芯片和mRNA-Seq对巴马小型猪和长白猪垂体前叶的miRNA和mRNA表达谱进行了关联分析(miRNA表达谱芯片分析由联川生物承担完成)。共检出222个miRNAs和12,909个转录本,这些miRNAs和mRNAs在两个品种中表现出较高的相关性(r>0.97)。实验鉴定到41个差异表达的miRNA和2...
miRNA是一类小的非编码RNA,由于它会通过mRNA的转录后抑制协调基因表达网络,具有强大的调节能力,成为RNA中重点研究的对象。已有研究发现miRNA会通过结合3’UTR序列并诱导脱腺苷酸化(CCR4-NAT和PAN2-PAN3复合物)、去帽化(DCP2和相关因素)和5’-3’降解(XRN1外核糖核酸酶),降低靶mRNA的翻译能力和稳定性[1]。 N6...
首先，最好用同样的内参基因，而且最好是同一次实验里面进行qRT-PCR。其次，这个图其实就是用基因一的...
此外,作者对miRNA-mRNA的配对最初是基于miRNA和mRNA的表达值之间的相关性,然后在用miRanda等进行靶向预测。但是实际上,通过miWALK可以发现更多的潜在靶标,miWALK是目前常用的miRNA靶标预测手段(PMID:21605702),它是基于miRAN与mRNAde 3’-UTR区域的结合情况进行预测,因此其分析结果也更加可靠,将这些潜在靶标与差异mRNA...
一种分析miRNA与mRNA相互关系的方法 本发明设计了一套用于分析在一个实例中,差异表达的miRNA与mRNA之间相互关系的方法,它包括几个主要步骤:步骤一,miRNA与mRNA表达谱相关性分析;步骤二,靶基因Gene Ontology分析;步骤三,靶基因pathway分析;步骤四,基因网络分析;步骤五,miRNA-mRNA网络分析....
对于mRNA数据,我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析,对于miRNA数据而言,我们可以通过miRNA对应的mRNA来研究miRNA相关功能。 miRpath是一个在线网站,集成了miRNA靶基因数据库, 只需要输入感兴趣的miRNA Id, 就可以从靶基因数据库中获取miRNA对应的靶基因,然后进行GO和KEGG富集分析,网址如下 ...
miRNA研究的关键是如何准确且特异性地检测分析miRNA。目前检测分析miRNA的方法中最为常用的是荧光定量PCR。但是miRNA本身相对较小,传统的RNA提取、反转录和定量方法难以高效的保证miRNA的检测,选对适配的方法此时则显得尤为重要。 传统的有机提取通常提取的是较大分子量的RNA,例如mRNA和核糖体RNA,但对于miRNA的提取效果...