13、miRGator v2.0: 整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。 网址:http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ 14、MiRNAMap: 动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。 网址:http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ 15、miRDB: 动物microRNA...
miRDB是一个用于动物(人、小鼠、大鼠、狗、鸡)miRNA靶标预测和功能注释的在线数据库,用户可通过按miRNA名称或按基因靶标信息两种方式进行检索。 数据库链接:http://www.mirdb.org/ 往期教程: 《使用miRDB预测miRNA的靶基因》 5.miRWalk miRWalk也是一个主要用动物(人、大鼠、小鼠、狗、牛、鱼)于miRNA靶基因预测...
miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。该数据库于2014年6月更新为最新版本V21.0,包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服...
还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库,示意如下 二、RNAcentral:非编码RNA库tRNA和silver rRNA库 RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库,整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息,旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照,网址如下: https...
miRWalkis是一个综合性数据库,提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。 9.TarBase diana.cslab.ece.ntua.grTarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因,区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。 10.miRGator...
一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。
miRBase: miRBase是一个广泛使用的miRNA数据库,提供了miRNA序列、注释、家族分类和功能预测等信息。可以通过miRBase获得miRNA的基本信息,如序列、长度、表达模式等。 TargetScan: TargetScan是一个广泛使用的miRNA靶点预测数据库,可以帮助研究人员确定miRNA与其靶基因之间的相互作用关系。通过TargetScan可以预测miRNA靶基因,并...
miRDB:miRDB是一个综合性的miRNA数据库,提供了miRNA的靶基因预测结果、调控网络以及相关的功能注释信息。 miRTarBase:miRTarBase是一个专门收集和注释已验证的miRNA靶基因的数据库,它提供了miRNA靶基因的实验验证结果,可以帮助研究者更准确地了解miRNA的功能。
17个常⽤miRNA数据库⼤全 1、starBase ⼀个⾼通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据⽀持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流⾏的靶标预测软件的交集和调控关系。最新...
近日，崔庆华团队在Nucleic Acids Research发表了题为“TransmiR v3.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database”的文章，发布了TransmiR v3.0数据库，包含更全面的miRNA转录调控信息。该数据库包含从2,285篇论文中筛选出的5,095个TF-miRNA调控信息，以及从ChIP-seq数据中筛选的超600万个TF-...