miRWalk数据库是一个集miRNA查询、miRNA靶基因及pathway查询于一体的在线、免费数据库。包括人、大鼠、小鼠、狗、牛和鱼6物种。 l miRNA查询 首先选择要查询物种,然后输入miRNA名称(注意名称中使用“-”而非下划线),可以获取miRNA序列及靶基因列表。miRWalk中靶基因列表可以点...
根据Pathway搜索,选择物种、数据库之后,下拉列表选择特定的通路即可查询。结果页面为靶向该通路中所有基因的miRNA。
但是miRWalk2.0里,可以预测类似ncRNA靶基因,和类似Pathway的分析。要怎么用呢? 莫愁:其实两个数据库都可以使用,但是,但从界面来说,大家可能都更熟悉miRWalk: 由于miRWalk所涉及的数据库不多,而且对于基因也没有特别的注释,所以,输入基因的时候,都是采用Gene Symbol,没别的选项,所以更没有多少类似于LncRNA之类的数...
miR-146a-5p的几个直接靶点已经得到验证,例如EGFR,它在HPV相关的阴茎鳞状细胞癌中过度表达,在这项研究中,我们寻找可能参与的新的miR-146a-5p靶点在HPV相关的肿瘤发生中。 为此,我们使用了miRWalk数据库,该数据库将编码组蛋白H3K3...
mirbase数据库不能用提交人姓名方式检索。根据查询到的公开信息显示mirbase数据库的检索方式有miRNAID检索、以GeneSymbol进行检索、以keggpathway通路进行检索、验证miRNA和靶基因相互作用的手段进行检索。不包括提交人姓名方式检索，mirbase数据库，数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种...
kegg pathway Gene ontology 结果示意如下 相比mirDIP, miRWalk提供的物种更多,而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用,但是由于整合的数据集较少,如果只是分析human中的miRNA靶基因信息,用mirDIP会更加全面一些。
reactome pathway kegg pathway Gene ontology 结果示意如下 相比mirDIP,miRWalk提供的物种更多,而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用,但是由于整合的数据集较少,如果只是分析human中的miRNA靶基因信息,用mirDIP会更加全面一些。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...
对于GSEA而言,支持以下功能的富集分析 reactome pathway kegg pathway Gene ontology 结果示意如下 相比mirDIP,miRWalk提供的物种更多,而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用,但是由于整合的数据集较少,如果只是分析human中的miRNA靶基因信息,用mirDIP会更加全面一些。
三个数据库对miR-24-3p的靶基因进行预测,取交集后获得92个靶基因,对其进行KEGG pathway分析发现富集于MAPK信号通路.7.胰岛min6细胞中过表达miR-24-3p抑制细胞增殖和成熟β细胞标记基因(Ins1,Mafa)的mRNA和蛋白水平,干扰miR-24-3p的表达则产生相反作用.结论:20月龄的老年小鼠胰腺组织中miR-24-3p的表达水平较8周...
reactome pathway kegg pathway Gene ontology 结果示意如下 相比mirDIP,miRWalk提供的物种更多,而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用,但是由于整合的数据集较少,如果只是分析human中的miRNA靶基因信息,用mirDIP会更加全面一些。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—...