Indexing:-H:使用同源聚合的k-mer(适用于PacBio数据)-k INT:k-mer的大小(不超过28)[默认值:15]-w INT:minimizer窗口大小[默认值:10]-I NUM:每个~NUM输入碱基分割索引[默认值:4G]-d FILE:将索引转储到文件中[]Mapping:-f FLOAT:过滤掉顶部FLOAT比例的重复minimizer[默认值:0.0002]-g NUM:如果在INT-bp...
Minimap2 是一个通用的序列比对程序,可将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。 典型用例包括: 1、将 PacBio 或 Oxford Nanopore 基因组读数映射到基因组 2、发现长读(long reads)之间的重叠,错误率高达~15% 3、PacBio Iso-Seq / Nanopore cDNA / Direct RNA reads与参考基因组的剪接感知比对(long ...
计算vcf文件中每个位点的深度 ~/my_data/myan/biotools/WGSc-master/bin/WGS --model vcf --type calTotalDP --file output.vcf.gz --out random.dep 但是这个结果好像不对,这个值对应的是GP的值,不是DP的值 这个软件还有很多功能,可以参考github主页的文档 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小...
Common options: --logfile LOGFILE Path to the log file. If not specified, messages will only be written to the standard error output. (default: None) --tmp-dir TMP_DIR Full path to the directory where temporary files will be stored. ...
Common options: --logfile LOGFILE Path to the log file. If not specified, messages will only be written to the standard error output. (default: None) --tmp-dir TMP_DIR Full path to the directory where temporary files will be stored. ...
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比,Minimap2可以用于三代测序, 也支持 splicing awared 比对;与一些传统三代比对工具相比,Minimap2 速度非常快,... minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比,Minimap2可以用于三代测序, 也支持 splicing...
代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ~/my_data/myan/biotools/WGSc-master/bin/WGS --model vcf --type calTotalDP --file output.vcf.gz --out random.dep 但是这个结果好像不对,这个值对应的是GP的值,不是DP的值 这个软件还有很多功能,可以参考github主页的文档 ...
minimap2 -DP -k19 -w19 -m200 ecoli_ref.fa ecoli_ref.fa > out.paf Option -D asks minimap2 to ignore anchors from perfect self match and -P outputs all chains. For large nomes, we don't recommend to perform base-level alignment (with -c, -a or --cs) when -P is applied. Th...
在完成比对后，我们继续使用DeepVariant进行后续处理。通过WGS软件，我们可以对vcf文件执行各种操作。在分析vcf文件时，我们特别关注了如何随机选择行数以及计算每个位点的深度。然而，在计算深度时，我们发现得到的值与期望不符，实际上对应的是GP的值而非DP的值。尽管如此，DeepVariant提供了丰富的功能，更多...
在完成比对后，使用DeepVariant进行SNP和INDEL的检测。DeepVariant结合WGS软件进行操作，可对vcf文件进行多维度分析，包括深度计算等。在分析vcf文件时，关注其提供的信息，以准确理解每一步的输出。尽管存在一些理解上的挑战，如区分GP值与DP值，但DeepVariant提供了丰富功能，可通过GitHub主页的文档进一步学习。