自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库 17.SeqBuster:http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/ a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation...
方法:利用TCGA的胃腺癌(STAD) miRNASeq数据集,分别比较胃癌不同分期、不同转移状态的microRNA表达谱。采用上述方法,筛选出miR-4521进行进一步研究。采用定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和原位杂交(ISH)检测胃癌组织中miR-4521的表达。使用重复transwell试验建立高侵袭性和低侵袭性细胞亚线。通过功能获得和功能丧失分析...
因此，我们对实验方案进行了调整，在I/R诱导急性肾损伤后发生肾纤维化（AC模型）小鼠中重新采用RNA-seq进行miRNA筛选，发现miR-874-3p表达下降，而将其过表达可明显减轻AC模型和UUO模型纤维化；并证实ADAM19是miR-874-3p的结合靶蛋白，在正常小鼠中过表达ADAM19可导致明显的肾脏炎症与纤维化；...
微小RNA(miRNA)是一种内源性非编码RNA分子，在基因表达调控中起重要作用，而它在肝脏热缺血损伤中的研究目前尚且很有限，本研究主要通过在小鼠中建立假手术对照组，热缺血组，再灌注组三组模型，利用RNA-seq高通量技术分析出与小鼠肝脏热缺血及再灌注损伤相关联的基因与miRNA。对比分析结果表明，再灌注损伤有...
我们利用果蝇群体基因组数据结合小RNA组测序，筛选鉴定黑腹果蝇中受选择的miRNA；利用基因敲除结合RNA-seq在姐妹种间探讨这些适应性进化的miRNA的功能演化及伴随的靶基因调控网络改变；同时鉴定了黑腹果蝇Z和M种系间适应性分化的miRNA靶位点，在体内外验证了这些位点的多态性对基因表达的影响。我们发现果蝇属...
整合ENCODE的ChIP-seq数据，我们共发现18个p53调控miRNA存在ChIP实验证实的p53结合位点。在此基础上，我们深入探讨了转录因子与miRNA形成的调控网络，在包括肝组织在内的12个组织中识别了2,347个转录因子与miRNA的调控作用，结果显示多数的转录因子结合位点富集于miRNA的转录起始位点附近。我们发现组织特异性mi...
starBase 从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradome sequencing)搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标 31.PITA: http://genie./pubs/mir07/mir07_data.html PITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。
starBase 从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradome sequencing)搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标 31.PITA: http://genie./pubs/mir07/mir07_data.html PITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。
《基于RNA-Seq与microRNA表达谱探讨杂色鲍杂种优势分子机理》是依托厦门大学，由游伟伟担任项目负责人的面上项目。项目摘要 杂种优势是普遍存在的一种复杂生物学现象，在水产动物的生产实践中已获得广泛应用，虽然人们已从生理生化、分子标记和QTL定位等多个方面开展了相关研究，但对其形成机理的研究迄今尚未明晰。随...