datasettk$filter_pollution(taxa = c("mitochondria", "chloroplast")) print(datasettk) #然后为使otu_table,tax_table和phylo_tree中的OTU相同,使用tidy_dataset()。 datasettk$tidy_dataset() print(datasettk) #我们使用sample_sums检查每个样品的测序数量 datasettk$sample_sums()%>% range #为了减少不同...
microtable-class object: sample_table have 90 rows and 4 columns otu_table have 13628 rows and 90 columns tax_table have 13628 rows and 7 columns phylo_tree have 14096 tips 为了使物种和样本信息在数据集对象的不同文件中保持一致,我们可以使用函数tidy_dataset()来修剪数据集。 >dataset$tidy_datase...
# 选择"IW"组的样本 # 使用clone对soil_amp对象深度拷贝 tmp <- clone(soil_amp) # 直接更改样本表 tmp$sample_table %<>% subset(Group == "IW") # 清理对象中的所有文件 tmp$tidy_dataset() # 使用filter_thres参数过滤低丰度特征 tmp <- trans_network$new(dataset = tmp, cor_method = "spearma...
通过应用函数tidy_dataset(),对象中所有的基本文件都可以被修剪,并具有一致的信息。如果各样本的序列数差别很大,建议使用rarefy_samples()使每个样本的序列数相等(小编注释:rarefy_sample 函数功能是对测序数据OTU进行抽平处理),以减少测序深度对α-和β-多样性计算的影响。运行cal_abund()可以自动计算每个分类等级的...
摘要:dataset$sample_sums() %>% range #计算并查看样本总数的范围 dataset$rarefy_samples(sample.size = 1000000) #执行重采样,标准化样本中的测序深度 "46 features are removed because they a阅读全文 » R:OTU根据分类级别拆分 发表于 2024-05-06 16:05阅读:43评论:2推荐:0 ...
tidy_dataset()tmp % cal_module(undirected_method = "cluster_fast_greedy")```## Network topological attributes for all networkswe extracted all the res_network_attr tables in the networks and merged them into one final table by using cal_network_attr function in meconetcomp package.```{r,...
packageVersion("ggtree")#[1] ‘3.8.2’library(microeco)t1<-trans_diff$new(dataset=dataset,method="lefse",group="Group",alpha=0.01,lefse_subgroup=NULL)t1$plot_diff_cladogram(use_taxa_num=200,use_feature_num=50,clade_label_level=5,group_order=c("CW","IW","TW"))#The console shows ...
通过应用函数tidy_dataset(),对象中所有的基本文件都可以被修剪,并具有一致的信息。如果各样本的序列数差别很大,建议使用rarefy_samples()使每个样本的序列数相等(小编注释:rarefy_sample 函数功能是对测序数据OTU进行抽平处理),以减少测序深度对α-和β-多样性计算的影响。运行cal_abund()可以自动计算每个分类等级的...
#然后为使otu_table,tax_table和phylo_tree中的OTU相同,使用tidy_dataset()。 datasettk$tidy_dataset() print(datasettk) #我们使用sample_sums检查每个样品的测序数量 datasettk$sample_sums()%>% range #为了减少不同样品物种数目对多样性测量的影响,使用rarefy_samples进行稀释抽样。