为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包被提出,旨在处理微生物群落和环境数据。这个包基于R6类系统开发,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。本期我们将详细介绍microeco包中的LEfSe分析。首先,我们使用示例数据建立microtable对象,并进行数据过滤处理。最后,对特定数据集进行LEfSe分析及可视化...
R:microtable包计算相对丰度堆叠柱状图 发表于 2024-06-06 08:49阅读:66评论:0推荐:0 摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\New_microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(dplyr) library(tibble)阅读全文 » microeco包网络分析的一些关键属性...
microeco软件包的特点是:(i)高度模块化,每个类涵盖了分析的各个部分,软件包的结构和功能易于理解、记忆、搜索和使用;(ii)高度灵活性,每个部分都实现了不同的算法或方法,使分析具有灵活性;(iii)快速行动,一些算法已被优化;(iv)功能强大,实现了一些前沿的方法,如LEfSe、网络分析、空模型和功能冗余计算。转...