与1.0版中构建的原始管道相比,新的计算管道(图1B)包括四项重大更新:(i) 识别带有非预期PTM的MHC结合肽段;(ii) 通过三种不同方法进行精确的FDR估计。这一点很重要,因为对于MHC鉴定而言,FDR估计通常具有挑战性,原因是其搜索空间巨大。所采用的三种方法是:全局FDR估计(默认);修改前后的分离FDR估计以及转移FDR估计。
(F)MHC-II结合基序。(G)MHC-II多重特异性具有P4和P6带正电荷的氨基酸的相互排斥性(参见(13))。(H)MHC-II配体的平均肽长度分布。(I)偶数和奇数长度的MHC-II配体的肽结合核心偏移量分布(0对应于奇数长度的肽中间的结合核心,对于偶数长度的肽未定义)。(J)MHC-II配体N端和C端三个氨基酸残基中的基序。图中A...
The Immune Epitope Database (IEDB): 2018 update. Nucleic Acids Res. 47, D339–D343 (2019). Article CAS PubMed Google Scholar Tung, C.-W., Ziehm, M., Kämper, A., Kohlbacher, O. & Ho, S.-Y. POPISK: T-cell reactivity prediction using support vector machines and string ...
通过使用以下标准通过查询IEDB数据库(26)收集主要的组织相容性复杂的II类配体洗脱测定数据:“仅阳性测定,表位结构:线性序列,无T细胞测定,无B细胞测定,MHC配体测定:MHC配体洗脱试验,MHC限制类型:II类。”收集的数据包括配体序列,配体起源的来源的详细信息,包括来源蛋白质名称,来源蛋白质中的配体位置,来源生物名称以及配体...
首先，作者在IEDB数据集上对ACME与经典的NetMHCpan3.0方法进行对比。使用皮尔逊相关系数（Person’s CorrelationCoefficient，PCC）来评估模型的预测能力。实验结果表明ACME获得了更好的预测结果。在三种不同长度（11，10，和9氨基酸）的多肽数据集上，相比于NetMHCpan 3.0，ACME在PCC指标上分别提升了11%、5.3%和3.4...
首先,作者在IEDB数据集上对ACME与经典的NetMHCpan3.0方法进行对比。使用皮尔逊相关系数(Person’s CorrelationCoefficient,PCC)来评估模型的预测能力。实验结果表明ACME获得了更好的预测结果。在三种不同长度(11,10,和9氨基酸)的多肽数据集上,相比于NetMHCpan 3.0,ACME在PCC指标上分别提升了11%、5.3%和3.4%(如图3所示...
1目的预测黑色素瘤相关抗原-4(MAGE-4)抗原的MHC-Ⅰ/MHC-Ⅱ限制性表位肽.2方法利用NCBI蛋白数据库检索到MAGE-4抗原的氨基酸序列,BIMAS,SYFPEITH1,IEDB等3种方案分别对MAGE-4抗原的HLA-A*0201限制性MHC-Ⅰ类抗原表位进行预测,选出候选肽;然后利用SYFPEITHI服务器和NetMHCIIpan 3.1服务器对候选肽周围的MHC-Ⅱ限制...
b–d, Composition of IEDB dataset (MHC full ligand export downloaded on 25 November 2018) represented as number of peptides per binding category and measurement type (b, c) and binding category and peptide length (d). Strong binders: IC50≤ 50 nM; binders: 50 nM < IC50≤ 500 nM; weak...
在步骤a中用于抗原-特异性t细胞富集的细胞与步骤b中的细胞文库进一步接触,其中每个细胞表达单一mhc等位基因,其中文库包含表达存在于供体中的所有mhci或ii等位基因的细胞,和其中所述文库的细胞呈递所述限定抗原的表位。 在整个本发明中,优选mhc是mhci。由这些细胞刺激的t细胞,其表达mhci,将是cd8+t细胞,并且通常地,将呈...
方法通过IEDB分析预测EBOV糖蛋白的优势表位，并对优势表位进行聚类 分析，保守性分析和分子对接。同时，利用编码糖蛋白DNA的质粒PVAX-GP免疫小鼠，酶联免疫斑点试验（ELISpot)验证预测 获得的表位。结果在构成人群覆盖率达99%的人类白细胞抗原n(HLA I I)超家族限制性15表位肽预测中筛选获得19个优 势表位，H-2筛选...