一、简介BioCyc是一个含有16,822途径/基因组的数据库(Pathway/Genome Databases, 简称PGDBs)。BioCyc数据库中涉及细菌、古细菌、酵母、果蝇、小鼠和人类。而BioCyc数据库又可进一步被分成 三级: 第一级:数据库…
MetaCyc全称Metabolic Pathways From all Domains of Life，属于BioCyc子数据库，BioCyc是一个专注于代谢通路的高质量数据库。MetaCyc是一个非冗余的、具有经过实验阐明的代谢途径和酶的数据库。● 包含来自3349种不同生物体的3006个途径；●含有涉及初级和次级代谢以及相关的18124个代谢物，相关反应，酶和基因的途径...
(MetaCyc是BioCyc的一个子数据库) 2、Search Compounds——代谢物检索 点击“Search Compounds”进入MetaCyc代谢物检索页面,可以使用8种方式检索代谢物的检索:代谢物名称、代谢物本体、代谢物同位素质量、代谢物分子质量、代谢物的简化分子线性输入规范码、代谢物的InChI、代谢物的 InChI key。3、Search Pathway——通...
(MetaCyc是BioCyc的一个子数据库) 2、Search Compounds——代谢物检索 点击“Search Compounds”进入MetaCyc代谢物检索页面,可以使用8种方式检索代谢物的检索:代谢物名称、代谢物本体、代谢物同位素质量、代谢物分子质量、代谢物的简化分子线性输入规范码、代谢物的InChI、代谢物的 InChI key。 3、Search Pathway——...
3. 通路检索“Search Pathway” 以前我们检索物质通路主要使用的是KEGG,现在让我们来了解一下可以作为补充KEGG通路中缺失的部分的MetaCyc中通路的具体使用方法。点击“Search Pathway”进入到具体检索的页面,对于通路的检索有9种方式,与代谢物检索一致,...
“wet-lab”ratherthancomputationaldeterminations.MetaCycemploysthesamedatabaseschemaasdoestheEcoCycDB[2].It aims to provide the same rich literature-based annotation for each pathway as does EcoCyc, although a minority of pathways currently lack the extensive commentary and literature citations that we...
KEGG数据库 KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)全称是京都基因和基因组百科全书,目前发展为一个综合性数据库,含有18个数据库,分为三大类(系统信息、基因组信息、化学信息)。其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。
已知生命的代谢通路。MetaCyc是一个庞大而全面的数据库，目前包含了来自3009个不同生 物的2722个代谢通路。MetaCyc的代谢网络包含了初生代谢，次生代谢，还包括相关的化合 物、酶和基因。一、组成概况 根据数据库的注释结果，绘制各样品Pathway相对丰度统计图。下图是相对丰度前20的 Pathway相对丰度柱形图，其中不同的...
3、Search Pathway——通路检索 点击“Search Pathway”进入到具体检索的页面,有9种检索方式:通路名称、通路本体、反应编号、通路底物、证据编码、物种、物种分类、基因工程或者自然存在、文献。
3 Search Pathway——通路检索 点击“Search Pathway”进入到具体检索的页面,有9种检索方式:通路名称、通路本体、反应编号、通路底物、证据编码、物种、物种分类、基因工程或者自然存在、文献。