另外,从结果的形式%(IP/Input)也可以看出,MeRIP-qPCR实验侧重看修饰的片段(IP样品qPCR结果)占总片段(Input样品qPCR结果)的比例,实验目的只是要得到这两者的比值就体现修饰水平,因此MeRIP-qPCR不需要内参。 例如:针对目的基因目的位点qPCR,样品A的IP结果0.2,Input结果1;样品B的IP结果0.3,Input结果1.5,得到的%(IP/In...
从结果的形式%(IP/Input)我们也可以看到,这个实验侧重看修饰的片段(IP样品qPCR结果)占总片段(Input样品qPCR结果)的比例,实验目的只是要得到这两者的比值就体现修饰水平,因此MeRIP-qPCR不涉及到普通的相对定量qPCR需要的内参: 内参是衡量不同样品间表达量时用来均一化样品的,比如默认GAPDH在你的各个样本之间表达量应当...
图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 图8. MeRIP-Seq结果展示:韦恩图 图9. MeRIP-Seq...
(6)OsALKBH9功能丧失导致TDR和GAMYB转录本中的m6A高甲基化 图6:OsALKBH9依赖的m6A去甲基化调控花粉外壁积累。 (a) TDR和GAMYB的相对m6A值。 (b) m6A-IP-qPCR结果显示WT和Osalkbh9-1的第9~10阶段花药中的相对m6A水平。 (c) Osalkbh9-1 OsALKBH9pro::OsALKBH9CDS FLAG小穗(第7~12阶段花药)中的RIP-q...
1.MeRIP-qPCR的目的是什么? 首先我们需要明确的是,MeRIP-qPCR的目的是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。 得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(可以大致理解为:这个转录本表达了很多条,其中百分之多少是这个位点有修饰的?
RIP-qPCR结果证实Hspa1a mRNA能直接与METTL3蛋白结合(图4f)。MeRIP-qPCR验证了在METTL3沉默的细胞系中Hspa1a mRNA的m6A修饰水平显著降低(图4g)。随后进行RNA稳定性实验以分析METTL3介导的m6A修饰对Hspa1a表达调控作用机制。METTL3沉默后,Hspa1a mRNA的衰减速度显著快于对照组(图4h)。这些结果表明METTL3增加了Hspa1a...
图1:m6A MeRIP试剂盒实验流程 结果展示 图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 ...
MeRIP-qPCR验证了在METTL3沉默的细胞系中Hspa1a mRNA的m6A修饰水平显著降低(图4g)。随后进行RNA稳定性实验以分析METTL3介导的m6A修饰对Hspa1a表达调控作用机制。METTL3沉默后,Hspa1a mRNA的衰减速度显著快于对照组(图4h)。这些结果表明METTL3增加了Hspa1a mRNA的稳定性并减少了其衰减。通过以上实验,研究人员揭示了...
NFATc1的基因组位点示意图。在ZOL刺激或未刺激下,NFATc1转录本中meRIP-Seq的m6A peaks可视化。m6A peaks位于NFATc1的3‘UTR区。SRAMP网站上NFATc1潜在的m6A甲基化位点。根据潜在的m6A甲基化位点将NFATc1分为9个片段。m6A-RT-qPCR检测ZOL刺激后抗m6A组和抗IgG组之间NFATc1的9个片段富集情况。m6A-RT-qPCR检测NFAT...
IGV可视化结果显示,Hdac1转录本在WT的mRNA中m6A修饰丰富,但在敲除Mettl3后m6A峰减少(图5H)。作者通过MeRIP-qPCR进一步证实,在E15.5 Mettl3pKO胰腺细胞中,Hdac1 mRNA上的m6A减少。此外,通过对P0胰腺进行RIP-qPCR检测,发现Mettl3蛋白能与Hdac1 mRNA相互作用(图5J)。