MeRIP-qPCR结果计算公式如下表: *其中DF和IF是稀释倍数。如最初用于IP和Input的RNA的比例为a:b,则在计算%(IP/Input)值时,需要乘以稀释倍数b/a(经过IP实验得到的RNA量一定少于不做IP实验的Input的RNA量,且逆转录+qPCR的使用的IP和Input的模板量也不同,因此要在计算的时候将差异倍数考虑进去)。一般用于逆转录...
那么不加IgG可以直接将结果⽤于论⽂中的数据呈现吗？其实在部分的⾼分⽂章中我们也发现不⽤IgG直接进⾏验证的，即⽤%input数据直接⽤于表⽰甲基化⽐例。但是为了保险起见，我们还是强烈推荐⽼师加⼊IgG组的数据⽤于后期校正。meRIP-qPCR知识解读（1）meRIP-qPCR知识解读（2）meRIP-qPCR知识解读...
两个差异甲基化基因(低甲基化和高甲基化)的qPCR验证。图中显示了MeRIP-seq和MeRIP–qPCR检测到的甲基化FC。MeRIP-seq数据列表显示了FDR的平均FC,由ExomePeak计算。MeRIP-qPCR数据列表显示了每个条件四个独立重复的平均值±SEM。统计显著性由Student's t检验确定,P值显示在比较值上方。 图4:表观转录组学在神经变...
文库构建完成后,先使用Qubit2.0进行初步定量,稀释文库至1ng/ul,随后使用Agilent 2100对文库的insert size进行检测,insert size符合预期后,使用qPCR方法对文库的有效浓度进行准确定量(文库有效浓度> 2nM),以保证文库质量。 (四)上机测序 文库检测合格后,把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后在illumina...
利用超几何分布检验计算go功能显著富集的p值,再对p值进行benjamini&hochberg多重检验纠正,fdr≤0.05的goterms被认为显著富集。使用kegg数据库对差异peak关联基因进行pathway的功能注释和归类,keggpathway功能富集方法同go分析。 (5)根据所鉴定的结果,选择10个基因使用merip-qpcr方法对merip-seq富集和测序结果进行验证 在...
我们先进行一个简单的计算,常规的RT-qPCR1个反应(1个复孔)需要的totalRNA至少0.1-1μg左右。我们按照最小反应起始量来算的话,那么1个反应需要至少100ng的totalRNA,3个技术重复(3个复孔),总计totalRNA为300ng。 我们知道totalRNA中绝大部分为rRNA,那么只有不到5%的RNA为我们需要研究的对象。PCR反应需要引物跟...
1-步 qRT-PCR试剂装配一次反应 qPCR参数 I. 数据分析: 这里有很多算法来分析MeRIP结果;最为普遍的方法是:相对标准曲线方法和ΔΔCt方法. a.标准化RNA浓度点百分比输入量使用相对标准曲线 1.针对每个感兴趣的RNA,从输入样本中取10%的RNA连续稀释5-或10-倍 演示5个点,并 采用这些输入的样本实时荧光定量来绘制...
MeRIP-qPCR结果计算如下表: *其中DF和IF分别是稀释倍数。是说一个样品,由于其中IP到的RNA量一定会比不IP直接保留的Input的RNA量少很多,IP和Input实际取来做逆转录+qPCR的模板稀释倍数不同,因此要把这个倍数考虑进去。比如15μg的片段化RNA经过IP后的RNA全部拿去做IP样品的qPCR实验得到Ct值A1, 另3μg的片段化...
MeRIP-qPCR结果计算如下表: *其中DF和IF分别是稀释倍数。是说一个样品,由于其中IP到的RNA量一定会比不IP直接保留的Input的RNA量少很多,IP和Input实际取来做逆转录+qPCR的模板稀释倍数不同,因此要把这个倍数考虑进去。比如15μg的片段化RNA经过IP后的RNA全部拿去做IP样品的qPCR实验得到Ct值A1, 另3μg的片段化...
MeRIP-qPCR结果计算如下表: *其中DF和IF分别是稀释倍数。是说一个样品,由于其中IP到的RNA量一定会比不IP直接保留的Input的RNA量少很多,IP和Input实际取来做逆转录+qPCR的模板稀释倍数不同,因此要把这个倍数考虑进去。比如15μg的片段化RNA经过IP后的RNA全部拿去做IP样品的qPCR实验得到Ct值A1, 另3μg的片段化...