与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例),而普通qPCR验证的是某个基因的表达水平(共表达了多少转录...
MeRIP-qPCR结果通常用柱状图展示即可,常见的如以下3种情况: (1)只做IP和Input:展示%(IP/Input)值 如果有两组样品,展示一个目的基因在两组的修饰水平。或者一组样品,展示多个基因的修饰水平差异,可以只做IP和Input,展示%(IP/Input)值。[1][2] *为了便于直观体现组间的比较,有时会将所有%(IP/Input)数值...
从结果的形式%(IP/Input)我们也可以看到,这个实验侧重看修饰的片段(IP样品qPCR结果)占总片段(Input样品qPCR结果)的比例,实验目的只是要得到这两者的比值就体现修饰水平,因此MeRIP-qPCR不涉及到普通的相对定量qPCR需要的内参: 内参是衡量不同样品间表达量时用来均一化样品的,比如默认GAPDH在你的各个样本之间表达量应当...
图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 图8. MeRIP-Seq结果展示:韦恩图 图9. MeRIP-Seq...
3)MeRIP-qPCR为什么没有内参基因? MeRIP-qPCR不需要使用内参来进行样本间的对比,此实验主要是通过计算发生修饰的转录本(IP)占该基因总转录本(Input)的比例,来体现该位点的修饰水平。 4)IP/Input/IgG都需要展示? MeRIP-qPCR的结果用柱状图展示更为直观,文章中常用的有以下3种: ...
1.MeRIP-qPCR的目的是什么? 首先我们需要明确的是,MeRIP-qPCR的目的是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。 得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(可以大致理解为:这个转录本表达了很多条,其中百分之多少是这个位点有修饰的?
结果展示 图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 ...
MeRIP-qPCR的目的是对定量修饰位点的表达水平,因此设计的引物不仅要针对目标基因,还要针对基因上发生修饰的位点(区域)。那修饰位点的信息怎么获得呢?一般有以下几个途径: (1)从MeRIP-seq的测序结果中筛选获得: MeRIP-seq报告结果中通常会给出发生甲基化修饰的位置坐标(如云序生物报告中会以chr1:111234-111567的形式...
首先我们需要明确的是,MeRIP-qPCR的目的是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。 得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(可以大致理解为:这个转录本表达了很多条,其中百分之多...
性价比更高:包含m5C MeRIP过程中的所有核心试剂,性价比高 实验流程 图1:GenSeq m5C MeRIP试剂盒实验流程 结果展示 图2. 针对人工合成的含m5C(+)和不含m5C(-)RNA的MeRIP-qPCR检测结果。 图3. 针对m5C(+)RNA,分别用m5C抗体IgG对照抗体的MeRIP-qPCR检测结果...