3)MeRIP-qPCR为什么没有内参基因? MeRIP-qPCR不需要使用内参来进行样本间的对比,此实验主要是通过计算发生修饰的转录本(IP)占该基因总转录本(Input)的比例,来体现该位点的修饰水平。 4)IP/Input/IgG都需要展示? MeRIP-qPCR的结果用柱状图展示更为直观,文章中常用的有以下3种: 只有IP和Input的数据:展示%(I
IgG作为阴性对照,通过MeRIP-qPCR验证5个m6A甲基化基因。qPCR分析显示,与NX猪相比,LW猪中5个高表达上调基因的表达增加。在SH3BP4基因位点上,IGV可视化显示RNA-seq(灰色)数据和MeRIP-seq(红色和蓝色)数据。 (7)m6A修饰调控WFS1在NX和LW猪肌肉中的差异表达 图7:m6A修饰调控NX和LW猪肌肉中WFS1的差异表达。 基因...
IgG作为阴性对照,通过MeRIP-qPCR验证5个m6A甲基化基因。 qPCR分析显示,与NX猪相比,LW猪中5个高表达上调基因的表达增加。 在SH3BP4基因位点上,IGV可视化显示RNA-seq(灰色)数据和MeRIP-seq(红色和蓝色)数据。 (7)m6A修饰调控WFS1在NX和LW猪肌肉中的差异表达 图7:m6A修饰调控NX和LW猪肌肉中WFS1的差异表达。 基...
文库构建完成后,先使用Qubit2.0进行初步定量,稀释文库至1ng/ul,随后使用Agilent 2100对文库的insert size进行检测,insert size符合预期后,使用qPCR方法对文库的有效浓度进行准确定量(文库有效浓度> 2nM),以保证文库质量。 (四)上机测序 文库检测合格后,把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后在illumina...
不同颜色表示RNA表达或m6A甲基化水平不同变化。热图显示了27个甲基化水平有显著差异基因的表达情况。IgG作为阴性对照,通过MeRIP-qPCR验证5个m6A甲基化基因。qPCR分析显示,与NX猪相比,LW猪中5个高表达上调基因的表达增加。在SH3BP4基因位点上,IGV可视化显示RNA-seq(灰色)数据和MeRIP-seq(红色和蓝色)数据。
文库构建完成后,先使用Qubit2.0进行初步定量,稀释文库至1ng/ul,随后使用Agilent 2100对文库的insert size进行检测,insert size符合预期后,使用qPCR方法对文库的有效浓度进行准确定量(文库有效浓度> 2nM),以保证文库质量。 (四)上机测序 文库检测合格后,...
3) 联合分析:整合m6A MeRIP-seq和Ribo-seq数据,识别受m6A调控的翻译事件。比较m6A修饰与翻译效率的关系,识别受m6A调控的基因。 4) 功能富集分析:GO和KEGG分析受m6A调控的基因功能。 5) 网络分析:构建m6A修饰与翻译调控的分子网络。 4. 验证实验 1) qPCR验证m6A修饰和翻译效率的变化。
● 平台完整: MeRIP实验—建库测序分析—MeRIP qPCR验证,真正一站式服务 ● 高成功率:成功开展超过1000例样本,支持低至ng级别RNA建库 ● 灵活选择:建库方式和文库片段大小可选 ● 重复性好:丰富的项目经验确保实验重复性,已进行多样本间的比较分析 实验流程与项目流程 ...
IgG作为阴性对照,通过MeRIP-qPCR验证5个m6A甲基化基因。 qPCR分析显示,与NX猪相比,LW猪中5个高表达上调基因的表达增加。 在SH3BP4基因位点上,IGV可视化显示RNA-seq(灰色)数据和MeRIP-seq(红色和蓝色)数据。 (7)m6A修饰调控WFS1在NX和LW猪肌肉中的差异表达 ...
文库构建完成后,先使用Qubit2.0进行初步定量,稀释文库至1ng/ul,随后使用Agilent 2100对文库的insert size进行检测,insert size符合预期后,使用qPCR方法对文库的有效浓度进行准确定量(文库有效浓度> 2nM),以保证文库质量。 (四)上机测序 文库检测合格后,把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后在illumina...