1. MEME MEME 是最基本的挖掘 Motif 模块,可以在少量(<50)的序列中挖掘全新(novel)、无间隙(ungapped)的 Motif。如果序列中存在长度不定的 Motif,MEME 会将其分割为两个或多个单独的 Motif。 注意,MEME 在挖掘 Motif 时使用的阈值是挖掘到的 Motif 的数量,而非 Motif 的可信度(E-value)。所以使用 MEME ...
meme蛋白质基序分析meme蛋白质基序分析 NBS-LRR基因家族是一种常见的抗病基因家族,该基因家族在所有抗病基因中占比超过60%。一般被子植物的基因组中包含数百个NBS-LRR基因家族的基因。 NBS-LRR基因家族编码的蛋白可以分成3个结构域,NBS+LRR,根据蛋白N端的结构域可以将NBS-LRR分为三类:T(TIR)NL、C(CC)NL和R(...
不同颜色的方块表示不同的motif，一般来说就看你分析的序列是不是有相同的motif。比如你分析物种A和B的同一个基因，那么他们结果应该是有一样的motif，而且位置数目基本上也差不多。这个motif长度参数是可以设置的，你设置不同的参数结果也会不一样。而每个motif里用碱基表示，字母越大表示该位点越保守...