系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图,用来描述物种(或材料、序列等)之间的分类和演化关系,是反映群体结构最经典、直观、有效的方法; 构建方法有NJ法、ML法和贝叶斯法,GWAS材料间差异不是非常大,一般选择NJ法; 常用软件:MEGA、PAUP、Phylip、CIPRES平台等。 Wang et al., 2017, ...
所以MANTRA的作者们又开发了MR-MEGA的方法,与MANTRA相比,MR-MEGA在保持power与精度的基础上,大幅削减了所需的计算资源。 方法核心原理 考虑对某一表型的 K 个GWAS研究,将第k个GWAS中的第j个SNP的参考等位频率表示为pkj,首先构建一个GWAS两两间欧几里得距离的矩阵,其中各项为由常染色体SNP计算得到,表示为D=[dkk'...
GWAS using low-pass whole genome sequence reveals a novel locus in canine congenital idiopathic megaesophagusDOGSDISORDERSIDENTIFICATIONASSOCIATIONVARIANTSMUTATIONSNPCongenital idiopathic megaesophagus (CIM) is a gastrointestinal disorder of dogs wherein the esophagus is dilated and swallowing activity is ...