二、MeDIP-seq数据的生物信息学分析流程展示 MeDIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括:测序饱和度估计、测序后reads的质控和筛选、cleanreads比对、DNA甲基化信号富集区域检测、区域邻近基因注释、样本组间数据比较和差异DNA甲基化区域的确定、差异DNA甲基化区域功能分析、个性化下游分析。
MeDIP-seq数据算是这篇文章的重心,所以其上传了MeDIP-seq数据的Rdata形式,以及配套的rmd代码。 数据和代码具有可重复性 其实我们分享过代码海洋,也是类似的效果,数据和代码都具有可重复性。不过,这个MeDIP-seq数据并没有上传到代码海洋,其链接是:https://zenodo.org/record/3715312#.X7R9RJMzbsp 可以看到数据如...
虽然MeDIP-seq数据分析教程一直挂在我的博客(bio-info-trainee.com/)的主页,如下: 但实际上我并没有这样的MeDIP-seq项目数据,仅仅是凭借着我自己五年前的一些表观数据处理经验,迁移到了MeDIP-seq数据处理上。其它表观数据处理教程见: 免费视频课程《ChIP-seq数据分析》 免费视频课程《ATAC-seq数据分析》 最近看...
两个平台可以同时做,这样不仅可以缩小验证指标挑选范围而且可以从宏观角度来说明DNA甲基化对基因的转录调控。 DNA甲基化和表达谱的联合分析: a)理论上甲基化水平升高会抑制基因的表达,但甲基化不是调控基因表达的唯一因素。所以联合分析的意义就在于: 1 统计有多少甲基化变化的基因同时发生了表达的变化,也就是说在特...
基于MeDIP-seq、MRE-seq数据视野之之统计方法及理念研究.docx,基于MeDIP-seq、MRE-seq数据视野之之统计方法及理念研究:为了系统研究原钙黏蛋白各个亚型的功能,本研究对原钙黏蛋白家族氨基酸序列保守性...1周彦;基于MeDIP-seq和MRE-seq数据的统计方法及理论研究[D];东北...|
英文名称: 总访问: 2100 国产/进口: 进口 半年访问: 72 产地/品牌: 上海丰核信息科技有限公司 产品类别: 测序/基因分析 型号: MeDIP-seq技术及数据分析 最后更新: 2020-12-14 货号: 参考报价: 立即询价 电话咨询 [发表评论] [本类其他产品] [本类其他供应商] [收藏] 分享:微信新浪微博销售商: ...
最近看到于2020年6月发表在,的文章:《Detection and discrimination of intracranial tumors using plasma cell-free DNA methylomes》公布了非常完善的MeDIP-seq数据分析细节。这个文章比较复杂: 先获取患者生物液体(如血浆)中循环的无细胞DNA(ctDNA),对其进行甲基化后,再利用无细胞甲基化DNA免疫沉淀和高通量测序(cfMeD...
虽然MeDIP-seq数据分析教程一直挂在我的博客(http://www.bio-info-trainee.com/)的主页,如下: 但实际上我并没有这样的MeDIP-seq项目数据,仅仅是凭借着我自己五年前的一些表观数据处理经验,迁移到了MeDIP-seq数据处理上。其它表观数据处理教程见: