##原来的数据不利于我们进行组间的细胞浸润差异分析(R语言主要是对列进行差异分析),转置矩阵 TME <- as.data.frame(t(TME)) ##保存数据 save(TME, file="TME.Rda") #差异分析,因为免疫分数不符合正态分布(之前用球形检验验证过),所以我们用wilcox.test()秩和检验来判断两组的免疫浸润差异,group要设置为因...
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MCPcounter.estimateload(file ='TCGA.Rdata')exprMatrix[1:10,1:10]###ensemble整洁版ID###library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)ls('package:org.Hs.eg.db')g2s=toTable(org.Hs.egSYMBOL);head(g2s)g2e=toTable(org.Hs.egENSEMBL);head(g2e)tmp=merge(g2e,g2s,by='gene_id')head(tm...
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