MCPcounter(Microenvironment Cell Populations-counter) 由Becht团队于2016年开发,截止至发帖日,已有超过1800+次引用。MCPcounter 可以根据基因表达矩阵量化组织中8个免疫细胞和2个基质细胞的丰度,包括T细胞、CD8+ T细胞、细胞毒性淋巴细胞、NK细胞、B淋巴细胞、单核细胞、髓系树突状细胞、中性粒细胞以及内皮细胞和成纤维...
载入MCPcounter,需要先下载curl包,并从github中加载MCPcounter包。 可以通过查看帮助文档,了解MCPcounter的数据要求和使用。 ##Installs devtools and the MCPcounter dependancy 'curl' #install.packages(c('devtools','curl')) library(curl) library(devtools) install_github('ebecht/MCPcounter',ref='master',...
只需要构建一个表达矩阵:colname是sample_name,rownames是基因symbol或者另外两个ID(不记得了)featuresType=c('HUGO_symbols')其实有三种可选 代码如下 library(curl)library(MCPcounter)??MCPcounter.estimateload(file ='TCGA.Rdata')exprMatrix[1:10,1:10]###ensemble整洁版ID###library(clusterProfiler)library...
MCP-counter 是“单样本”分数,因为它们是在每个样本上独立计算的。然后,这些分数可用于直接比较队列中样本中相应细胞类型的丰度。通过使用石蜡包埋组织切片上免疫组织化学细胞定量对 MCP 计数器进行了定量验证。结果说明了它在 47 种健康组织类型和 32 种非血液系统恶性肿瘤中评估组织浸润的成功应用。 该方法可以比较...
【生信自学网】-课程试学-TCGA联合GEO数据库NMF聚类识别肿瘤分子亚型文章套路(MCPcounter免疫细胞浸润)客服微信:18520221056, 视频播放量 2611、弹幕量 0、点赞数 30、投硬币枚数 11、收藏人数 94、转发人数 7, 视频作者 生信自学网, 作者简介 ,相关视频:【生信自学网】-
可以看到需要4个参数,MCPcounterExampleData是转录组数据,featuresType是确认转录组数据基因名的类型,可'affy133P2_probesets','HUGO_symbols'和'ENTREZ_ID',实际使用中probesets和genes可以不加。 我们来试一下TCGA的数据 library(MCPcounter) estimate <- MCPcounter.estimate(exprSet, featurestype=c('affy133P2_...
该方法通过使用MCP(Microchip Counter PIC)计数器芯片,实现对不同事件的计数,并提供简洁而高效的计数器方案。 MCP MCP计数器芯片是一种专用于计数功能的集成电路。它通常具有多个计数通道,可以同时计数多个事件。MCP计数器芯片还提供了各种计数模式和计数设置,以满足不同的计数需求。 计数器的应用领域 MCP计数器方法...
EPIC 成纤维细胞 TCGA数据库 MCPcounter CAF生信 2024高考全网热议中!进来围观>> 生信自学网发消息 TCGA数据库挖掘,生物信息学视频教程,ke.biowolf.cn;微信:18520221056 充电 关注3.4万 科研杂 1/2 创建者:jackone123456789 收藏 1110播放 GEO数据库挖掘指南,GEO2R使用入门+重难点解析,手把手教你怎么用GEO2R在线...
可以使用的免疫浸润分析算法包括 : • [TIMER] 算法 • [CIBERSORT, ]https://doi.org/10.1038/nmeth.3337) • [quanTIseq, ] https://doi.org/10.1186/s13073-019-0638-6) • [xCell ]https://doi.org/10.1186/s13059-017-1349-1 • [MCPCounter]https://doi.org/10.1186/s13059-016-1070...
//Sinewave Tables were generated using this calculator: //http://www.daycounter.com/...