GitHub is where people build software. More than 100 million people use GitHub to discover, fork, and contribute to over 420 million projects.
SortaDate的使用 使用需要先下载安装phyx (https://github.com/FePhyFoFum/phyx) 如果仅为了使用SortaDate可抑制安装部分功能 gitclone https://github.com/FePhyFoFum/phyx.gitcdphyx/src ./configuremakepxlstrmakepxrmtmakepxbp#将phyx/src加入环境变量 或者也可以直接安装全套 sudoapt-getinstallgitautotools-de...
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment Assignees No one assigned Labels None yet Projects None yet Milestone No milestone Development Successfully merging a pull request may close this issue. add read.mcmctree function xiangpin/...
devtools::install_github("dosreislab/mcmc3r") Plotting calibration densities The packge can be used to plot the L and B calibration densities used by MCMCtree. Note you can use thesnpackage (available from CRAN) to plot the Skew-normal and Skew-t calibration densities. For example, suppose...
https://yanzhongsino.github.io/2021/03/25/bioinfo_phylogeny_caculate.divergence.time/ 如果是多基因串联建树的需要改ndata,同时phy文件也应该是“分区”的,即每个基因一个phy文件再合为最终的一个整的phy,例如: 图示phy文件为7个物种的3个基因,每个基因3331pb ...
https://yanzhongsino.github.io/2021/03/25/bioinfo_phylogeny_caculate.divergence.time/ 如果是多基因串联建树的需要改ndata,同时phy文件也应该是“分区”的,即每个基因一个phy文件再合为最终的一个整的phy,例如: 图示phy文件为7个物种的3个基因,每个基因3331pb ...
是当前进化分析的一个热点,以某几个特定类群的化石时间作为校正,然后通过基因序列间的分歧程度以及分子钟来估算物种间的分歧时间,同时估算系统发育树上其它节点的发生时间,从而推断相关类群的起源和不同类群的分歧时间。目前,采用依据BI树和ML树估计物种分歧时间的程序很多,例如R8S、MCMCTREE、MULTIDIVTIME、BEAST、MEGA...
CAFE的使用参照官方文档https://hahnlab.github.io/CAFE/src_docs/html/index.html以及https://github.com/hahnlab/cafe_tutorial/blob/main/cafe_tutorial.pdf需要注意的是MCMCTree进行时间推断时设置的分化时间是以100个MYA为单位的,而在输入到CAFE中的时间分化树需要改为以MYA为单位。
https://github.com/PuttickMacroevolution/MCMCtreeR library(MCMCtreeR)MCMCtree<-readMCMCtree("FigTree.tre",forceUltrametric=TRUE,from.file=TRUE)pdf("mcmctimetee.pdf")MCMC.tree.plot(phy=MCMCtree,analysis.type="MCMCtree",plot.type="phylogram",cex.tips=0.5)dev.off() ...
https://github.com/dosreislab/mcmc3r https://dosreislab.github.io/2017/10/24/marginal-likelihood-mcmc3r.html 实践(待补充): 补充: TimeTree 一些问题: 获得单拷贝 OGs,单拷贝 cDNA 序列比对,串联起来。 是否需要剪切?什么时候剪切? 三个密码子分开 ...