PS:一般的常规建树软件如IQ-TREE和RAxML构建的系统发育树都带有BP值枝长,在使用Mcmctree的时候输入的树文件只能带有时间标点信息,所以要删除这些信息,如果物种少可以进行手动删除,如果物种较多可以使用newick_utils这个软件进行删除。 #下载 conda install newick_utils #删除枝长和BP值等结点信息 nw_topology -I Plas...
1、软件下载及安装(http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html) 需要下载PAML和PAMLX两个文件的压缩包。 PAML是原始软件,PAMLX为可视化版本,PAMLX 支持4.9及以上版本的 PAML。下载压缩包后直接解压缩即可使用。 需要注意的是,下载完成PAML之后一定要记住自己存放的路径。 PAMLX压缩包 PAML压缩包 使用PAMLX前...